Plasmid Premier 2中文使用说明书.docVIP

Plasmid Premier 2.02 Plasmid Premier是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于质粒作图的专业软件，主要用于进行质粒作图，质粒特征分析和质粒设计。其主要界面分为序列编辑窗口（Genetank），质粒作图窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。 打开程序就进入以下的序列编辑窗口，可以直接打开Genbank或Vector数据库中已知质粒的序列文件，将序列读入，并将有关于质粒的各种特征，包括编码区，启动子，多克隆位点以及参考文献等信息保存在Header中；也可以直接输入序列进行未知质粒的设计。 在该窗口中显示质粒序列的方式可以有按照正向链，反向链和双链格式显示，并在显示碱基分组上选择3个/组或10个/组，以及用5’ Seq No命令选择在环形质粒中开始编辑的序列5’端位置。 该程序提供的翻译功能是该程序独到的地方，可以实现DNA，RNA和蛋白序列之间的互相翻译，并且提供目前已知的所有密码表来进行翻译，还能够是用户可以对密码表进行编辑，有很高的自由度。最为重要的是该程序提供了由蛋白向DNA按照IUPAC密码表进行逆向翻译的功能，得到了Translated DNA序列，通过在该序列中寻找序列中简并性低的区段由于进行猜测体探针的设计，这是该程序提供的在质粒作图之外的一个比较有特点的用途。 在序列编辑窗口中可以通过点击按钮进入以下的质粒作图界面 在质粒图谱中主要包括质粒的四种特征元素，包括限制性酶切位点，特征序列（纹基，motif），开读框（ORF）和其他质粒特征（feature如编码区）。其中前三种元素都是直接由程序对序列直接分析获得，也可以由用户再通过analyze菜单再作进一步分析，而最后一中元素可以由header头信息定义，也可以由用户自由添加。并切均可获得四种元素的列表。 对于图谱中各种元素，Plasmid Premier提供良好的图象处理支持，可以自由拖拽图中显示的各个元素，改变各个元素的显示，包括各个元素的字体，名称，位置和色彩等，并且通过点击途中的各个元素来获得其在序列上的相应位置，并且可以通过选择按钮选择只显示其中的一种元素，使界面简洁，易于进行编辑处理。 最后处理完成得到质粒图谱可以保存成BMP文件，得到高质量的图片文件输出后可以用于发表文章。 在序列编辑界面中通过点击按钮进入序列酶切分析界面 首先进入的是选择进行酶切分析的内切酶的窗口，可以在程序提供的内切酶数据库中选择合适的酶来进行分析，程序也提供给用户对内切酶数据库进行编辑的功能，使用户可以比较自由的填减内切酶。 获得酶切分析结果可以按照以下三种方式显示，依次为表格方式（table），序列方式（sequence），图谱方式（map）和列出无酶切位点的酶（non-cutter）。 最后一个界面是特征序列（motif）分析界面，可以在序列编辑界面中点击按钮进入以下界面，与酶切分析的界面一样也可以按照四种方式输出结果。 由于Plasmid Premier是围绕质粒作图而设计的专业软件，所以酶切分析和特征序列分析的结果在程序中没有安排与其他程序的输出接口，而只能打印或是转移到质粒图谱中以图像格式保存，所以只能在程序的界面中进行分析，无法另外保存出来分析，这一点上不是很方便。 总的来说，由于其能直接识别有载体数据库获得质粒序列信息，而且在图象处理方面有着明显的优势，Plasmid Premier在质粒作图方面是个十分优秀的软件。