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生物信息学软件及使用技巧 生物信息学软件分类 单机分析软件：如winplas 在线分析软件: 如webcutter 生物学数据库: 如NCBI,DDBJ,EBI 生物信息学软件的意义 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间。 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验。 用计算机管理实验数据。 生物学软件常用功能（核酸类） DNA 序列片断拼接----Contig Express 分析mRNA开放读框 限制性酶切位点分析 DNA 模拟电泳 PCR 引物设计 RNA二级结构分析 生物学软件常用功能（蛋白类） 蛋白一级结构分析（氨基酸分析） 蛋白二级结构分析（结构域分析） 蛋白三级结构分析（空间结构分析） 生物学软件常用功能（共同类） DNA、蛋白质序列同源分析 进化树构建 一、DNA 序列片断拼接（电子基因克隆） 获得感兴趣的EST，在dbEST数据库中找出EST的最有途径是寻找同源序列，标准：长度≥100bp，同源性50%以上、85%以下。 然后将检出序列组装为重叠群（contig），以此重叠群为被检序列，重复进行BLAST检索与序列组装，延伸重叠样系列，重复以上过程，直到没有更多的重叠EST检出或者说重叠群序列不能继续延伸，有时可获得全长的基因编码序列。 再与GeneBank核酸数据库进行相似性检测，假如有精确匹配基因，将EST序列数据据EST六种阅读框翻译成蛋白质，接着与蛋白质序列数据库进行比较分析。 二、分析mRNA开放读框 （一)5’-UTR结构1、mRNA5’端m7G帽有增强翻译水平的作用．2、“上游AUG密码子”(位于起始AUG上游的其他AUG密码子)的存在往往抑制下游开放读框的翻译效率．3、起始AUG旁侧序列对翻译效率的影响． Kozak序列：GCCAUGG (二)3’-UTR结构1．poly(A)尾增加翻译效率2．富含UA序列抑制翻译。 二、分析mRNA开放读框 获得尽量长的mRNA序列。 分析可能的读框（六种）。 软件：Vector NTI， Omiga 等。 在线:（/tools/dna.html） 选取最可能的一种。看是否符合各种条件。 目前应用的蛋白质结构预测的算法 同源预测(一级结构决定高级结构) 结构与结构相对比（DALI算法） 当前最先进的结构预测方法： 结构类识别（fold recognition） 先建立一个已知的结构类数据库（fold library)，将待测序列“穿过”该数据库构成的座标，并根据事先确定的物理限制，逐个位置移动（threading， sequence-structure alignment) ，并一个函数（sequence-structure fitness alignment) 判断序列与结构类的符合程度，找出未知序列在目标结构上的能量最优和构象最稳固的比对位置。对计算机要求很高。 Cn3D 2.5 显示 1EQF A链三维结构 十一、质粒绘图 winplas Plasmid processor DMUP beta Vector NTI Winplas 2.6 质粒构建 * Bioinformatics Basics 吴元明 讲师 第四军医大学基础部 wuym@ Bioinformatics Basics Bioinformatics Basics Bioinformatics Basics Bioinformatics Basics 生物学软件常用功能（其它类） 质粒绘图类 图象处理软件 Vector NTI 5.2 --- contig Express 分析步骤： * * * 3---也叫做同源建模 依靠MMDB中ASN.1记录格式，信息量大而紧凑，是一种理想的三维数据库浏览格式。