水稻穗长和有效穗数QTL定位分析.docVIP

水稻穗长和有效穗数QTL定位分析 　　摘要：水稻的穗长和有效穗数与产量有着密切的关系。本试验以籼稻品系中的V20B为母本，爪哇稻品系中的CPSLO17为父本杂交，经单粒传法构建重组自交系（RIL）为作图群体，对水稻穗长和有效穗数2个穗部性状进行QTL定位及分析。利用SLAF标签构建的高密度遗传图谱，结合定位软件MapQTL5进行区间作图，阈值设为3.9，在3条染色体上共检测到7个QTL，其中5个控制穗长QTL（qPL1-1、qPL1-2、qPL6-1、qPL6-2、qPL6-3）分别位于第1、第6号染色体上，QTL的贡献率分别为6.41%、22.22%、6.15%、12.24%、13.01%，增效位点主要来自于CPSLO17，且qPL1-1为一个新的QTL；2个控制有效穗数QTLs（qPN1、qPN4）分别位于第1、第4号染色体上，QTL的贡献率分别为13.15%、8.18%，且增效位点来自于亲本V20B。这些位点的标记为进一步克隆穗长和有效穗数QTL及分子标记辅助选择奠定理论基础。 　　关键词：水稻；QTL；穗长；有效穗数；产量 　　中图分类号：S511.03 　　文献标志码： A 　　文章编号：1002-1302（2016）04-0086-04 　　提高水稻产量始终是水稻育种追求的目标[1]，水稻产量的构成包括千粒质量、单株有效穗数、每穗实粒数、结实率4个部分，其中有效穗数的变化对产量高低有着举足轻重的影响。水稻产量的构成与水稻各种穗部性状有着密切的关系[2]，穗长是水稻穗部性状的一个重要组成部分，在实践育种中，虽然穗长这一性状被广泛研究，但在阐明其与产量构成关系上却没有引起足够的重视[3]。因此，定位分析控制水稻穗长和有效穗数的QTL及分析二者关系更能直接有效地为分子标记辅助选择培育高产品种提供依据。目前，大量研究表明，水稻穗长[4]和有效穗数[5]2个穗部相关性状为多基因控制的数量性状。近年来，关于穗长和有效穗数的QTL定位分析已有许多报道。潘英华等利用日本晴/B0801的F2群体定位了4个穗长QTLs[6]，分别位于第1、第2、第5、第9号染色体上，其中qPL9-1为主效QTL。袁爱平等利用中156/谷梅2号的RIL群体，在不同的环境下，对有效穗数进行非条件和条件QTL定位分析，定位3个有效穗数QTLs，分别位于第2、第7号染色体上[7]。徐建龙等利用Lemont/特青的RIL群体，检测出4个影响有效穗数的QTLs，分别位于第3、第4、第11、第12号染色体上[8]。 　　高密度遗传连锁图谱在基因和基因组的精细定位和图位克隆的应用中发挥着重要作用。SLAF-seq技术是基于SNP的简化基因组深度测序技术，该技术相比RAPD、RFLP、SSR等传统的定位方法具有通量高、准确性高、成本低、周期短、有效reads长、适用性广等突出优势[9]。目前，该技术在国内外已成功用于大豆[10]、芝麻[11]、黄瓜[12]等众多领域的遗传图谱构建和QTL定位，且在国内也有用于水稻耐冷和粒质量等性状的研究，宋佳谕等利用此技术进行水稻苗期耐冷关联分析[13]；Xu等利用此技术对水稻粒质量进行QTL定位[14]。但将此方法应用于水稻穗长和有效穗数研究上的却少有报道，因此，本研究较先采用SLAF-seq技术，以V20B和CPSLO17为双亲，利用覆盖12条染色体标记平均距离为0.29 cM的由8 602个高质量SLAF标签构建的高密度遗传连锁图谱，结合表型数据对V20B/CPSLO17构建的重组自交系群体（recombinant inbred lines，RILs）的穗长和有效穗数2个性状进行遗传分析，以期为水稻穗长和有效穗数性状相关基因的精细定位、克隆及分子育种提供相关信息。 　　1 材料与方法 　　1.1 材料 　　以分蘖强、穗长短、配合力强籼稻V20B为母本，以分蘖弱、穗长长、广亲和性爪哇稻CPSLO17为父本进行杂交，通过单粒传法连续自交后得到重组自交系群体。 　　1.2 田间种植与试验方法 　　1.2.1 田间种植 2015年于贵州省水稻研究所内种植双亲和RILs群体，每株系种4行，每行10株，种植行距为宽窄行（宽行30 cm、窄行20 cm）、株距20 cm，单本种植，常规栽培管理。 　　1.2.2 性状考察 成熟后，亲本分别随机取5株，每株取3穗，测量穗长，取平均值；随机选取5株考察有效穗数；随机取150个RIL群体考察穗长和单株有效穗数。穗长是指主穗颈节到穗顶的长度（不包括芒）；单株有效穗数是指单株内实粒数在5粒以上稻穗的数目。 　　1.3 QTL分析 　　本试验群体SLAF标签的分子数据由北京百迈克生物科技有限公司提供，该分子数据是利用SLAF-seq（specific-locus ampli