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用 2100 芯片生物分析系统优化线粒体 DNA 序列 PCR 扩增 应用 基因组学 作者 2100 芯片生物分析系统是处理 PCR 过程优化问题的 理想工具。不仅能对次级产物进行精确而重复的测定， Mark Jensen 而且对片段大小和目标产物相近的次级产物也能进行 Agilent Technologies, Inc. 2850 Centerville Road 分离和定量 [1]。对所有反应产物都进行定量，就使 Wilmington, DE 19808-1610 用户有机会准确地确定 PCR 反应的整体效率和特定 USA 反应参数之间的数学关系式。这些关系式将被用于优 化反应条件的确定。 摘要 线粒体 DNA （mtDNA ）是一个具有许多 PCR 扩增困 难的典型目标片段。人类 mtDNA 是一个在细胞质中 聚合酶链反应（PCR）产物分析，比较目标扩增产物和引物二 发现的含 37 个基因的环形基因组（ 16569bp）。线粒 聚体、非特异性特征产物等其它产物，是 PCR 方法优化的基 体基因组包括一个称为 D 环或控制区的 1100bp 的非 本内容。这一过程需要在较宽的片段和浓度范围内对扩增的 编码区。在 D 环中，发现有两段高度变异性 DNA 序 DNA 产物进行精确而重复的测定。2100 芯片生物分析系统非 列。这些区域，高变区 1 （HV1 ）和高变区 2 （HV2 ）， 常适合对 PCR 反应的所有产物和副产物进行快速定量分析， 含有足够的序列变异可用于人类身份的检测 [2, 3]。 从而使 PCR 扩增的优化开发更容易。 当不能从样品中提取足够量的完整基因组 DNA 时， 前言 mtDNA 就成了下一个分析目标，因为一个细胞的胞 质中就可能含有 1000 个 mtDNA 拷贝。经常可以从 PCR 的优化通常是一个很繁琐而费时的过程，特别是 很少量或严重降解的样品中提取到 mtDNA ，如骨头、 当扩增片段中包含高或低熔解温度序列的长延伸时。 牙齿或头发，然后再经过 PCR 扩增。用扩增产物进 优化的目的就是最大限度地减少多重次级产物，如引 行 DNA 序列分析。 物二聚体和非特异性产物，同时使目标扩增产物达到 最大量。用凝胶电泳分析扩增产物还不能满足要求， 因为对次级产物不能进行准确定量分析。缺乏定量信 息将延缓或混淆优化过程，甚至可能造成在不能获得 最大选择性和产量的条件下进行最终的 PCR 反应。 由于样品降解减少了平均 DNA 片段大小，所以扩增 提取缓冲液 HV 区所需要的 PCR 循环数就取决于样品的时间和条