中国美利奴细毛羊20号染色体mhc区段classⅱb延伸区域contig搭建-construction of contig of mhc class ⅱ b extension region on chromosome 20 of merino fine wool sheep in china.docxVIP

VI VI 主要英文缩略词表 英文缩写 英文全称 中文全称 MHC Major Histocompatibility Complex 主要组织相容性复合体 HLA Human Leukocyte Antigen 人白细胞抗原 OLA Ovine Leukocyte Antigen 绵羊白细胞抗原 BoLA Bovine Leukocyte Antigen 牛白细胞抗原 SLA Swine Leukocyte Antigen 猪白细胞抗原 PCR Polymerase Chain Reaction 聚合酶链式反应 BAC Bacterial Artificial Chromosome 细菌人工染色体 PAC Plasmid Artificial Chromosome 质粒人工染色体 YAC Yeast Artificial Chromosome 酵母人工染色体 cM centi-Morgan 厘摩尔根 Mb Million bases 兆碱基 FISH Fluorescence in situ Hybridization 荧光原位杂交 MTP Minimal Tiling Path 最小重叠度克隆群 石河子大学学位论文独创性声明及使用授权声明 学位论文独创性声明 本人所呈交的学位论文是在我导师的指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除 文中已经注明引用的内容外 ，本论文不包含其他个人已经发表或撰写过的研究成果。对本文的研究 做出重要贡献的个人和集体，均已在文中作了明确的说明并表示谢意。 研究生签名： 时间： 年 月 日 使用授权声明 本人完全了解石河子大学有关保留、使用学位论文的规定，学校有权保留学位论文并向国家主 管部门或指定机构送交论文的电子版和纸质版。有权将学位论文在学校图书馆保存并允许被查阅。 有权自行或许可他人将学位论文编入有关数据库提供检索服务。有权将学位论文的标题和摘要汇编 出版。保密的学位论文在解密后适用本规定。 研究生签名： 时间： 年 月 日 导师签名： 时间： 年 月 日 VII VII 引 言 绵羊（Ovis aries）是我国和世界上具有重大经济价值的家养动物之一，为人们的生 活提供肉蛋奶等产品，是与人们生活息息相关的重要的家畜，但是对其基因组及基因功 能的研究落后于猪、鸡、牛等经济家畜。美利奴羊由于具有相当强大的生态适应性，易 于引进与扩繁，已经成为当今世界上最重要和最具经济价值的绵羊品种。正是由于美利 奴羊的广泛分布，美利奴细毛羊在实际生产中特别是抗病性方面存在较高的多态性，成 为绵羊基因组研究的重要品种资源。 MHC 即主要组织相容性复合体基因区段与动物免疫应答、抗病性和对疾病的易感性 密切相关，绵羊基因组 MHC 区段的研究对绵羊抗病性与生产性能育种至关重要。同时 MHC 区段是一个较为保守的区段，可通过比较基因组方法，利用模式生物、其他家畜的 基因资源，推动绵羊基因组的研究。 2005 年，刘海波等构建了新疆美利奴细毛羊全基因组细菌人工染色体（BAC）文库 并在此基础上构建了第 20 号染色体 MHC 区段的 BAC 克隆物理图谱，并据此进行测序 得到了绵羊 MHC 区段（除 Class II a 与 Class II b 之间的大 gap 外）的全部核苷酸序列， 并通过软件对该区段的基因、重复序列及 microRNA 等进行了预测，为深入了解绵羊 MHC 区段基因的种类、数目和各自在染色体上的排列方式提供了丰富而详实的信息，从而使 绵羊 20 号染色体 MHC 区段基因组研究提前进入后基因组时代。 但是，研究发现绵羊与牛（Bos taurus）等反刍动物一样，在基因组 MHC 区段 Class II a 与 Class II b 之间存在一个大约 25cM 的倒位（Inversion）区域。2009 年 4 月，牛的 全基因组序列图谱公布，证实该倒位区域在牛第 23 号染色体上的物理距离约为 18.5Mb。 然而，绵羊的基因组研究相对比较落后，目前还没有一个完整的物理图谱，在约 25cM 的倒位区域内也才仅有少数几个还有待证实的 Markers。 本研究的目的就是要根据已公布的牛的基因组图谱，通过比较基因组学方法，选择 位于牛基因组 MHC 区段 Class II b 延伸区域的一些有效 Markers 或 Symbols，并据此设 计引物，利用 PCR 方法筛选本研究组已有的绵羊基因组 BAC 文库，对筛选出的阳性 BAC 克隆进行限制性酶切指纹图谱分析，搭建初步的克隆重叠群（contig）；然后，对 阳性 BAC 克隆进行末端测序，并据此设计 BAC 末端引物，对克隆间的重叠关系进行 PCR 确证，最终绘制出绵羊基因组在 MHC 区段 Class II b 延伸区域的物理图谱，