试验并行计算基础.PDF

实验一、并行计算基础 生物信息学综合实验 第一部分 并行计算的概念 • 并行计算的主要研究目标和内容 ▫ 并行计算的定义 ▫ 并行计算研究内容 ▫ 并行计算的研究范围 ▫ 并行计算的应用分类 • 并行计算机发展历史 ▫ 发展简述 • 并行计算机体系结构 ▫ 并行计算机体系结构的要素 ▫ 并行计算机的类型 第二部分 Linux 简介 • Linux概述 ▫ Linux 简介 ▫ 操作系统的组成 • Linux基本命令 ▫ 文件命令 ▫ 目录层次命令 ▫ 查找命令 ▫ 目录与文件的安全管理 ▫ 进程管理 • vi 编辑器：两种模式 ▫ 基本命令 ▫ 查找与替换 ▫ 多文件编辑 第三部分 MPI信息传递编程接口 • MPI概述 • MPI语言绑定与实现 • MPI程序总体结构与数据类型 • MPI点对点通信函数与通信模式 • MPI的群体通信 • MPI实例分析 • MPI程序惯例 第四部分 并行程序开发 • 并行程序的时间复杂度 ▫ 并行程序的执行时间 ▫ 并行程序的时间复杂度 ▫ 代价最优算法 • 并行程序的性能评价 ▫ 加速比定律 ▫ 基准测试程序 • 并行程序的性能优化 ▫ 串行程序性能优化 ▫ 并行程序性能优化 第五部分 远程管理VNC • VNC概述 ▫ VNC 简介 ▫ VNC 组成 ▫ VNC 的工作原理 • VNC 使用 ▫ VNC 命令 ▫ VNC 服务器的启动和停止 • VNC 的使用技巧 教科书与参考书 张林波、迟学斌、莫则尧等编著，并行计算导论。清华 大学出版社 都志辉编著，高性能计算并行编程技术——MPI并行程 序设计。清华大学出版社 第一讲 并行计算基础知识 • 并行计算的研究目标与内容 • 并行计算的发展历史 • 并行计算机体系结构 并行计算研究内容 • 并行计算机的设计 ▫ 结构设计：可扩展性 ▫ 互联拓扑：快速通信 ▫ 网络设计：快速通信与数据共享 • 并行算法设计与开发 ▫ 并行计算模型 ▫ 并行算法设计的一般过程 ▫ 数值计算与非数值计算的并行 • 评价并行计算的方法：效率、可行性、可移植性 • 并行计算语言：C++, MPI, PVM, … • 并行计算编程环境 并行计算的应用 • 基础研究：数学、物理、化学 • 天气预报 • 地理数据分析 • 调度问题 • 生物工程 • 医药研究 • 。。。 并行计算应用分类 • 计算密集型（compute-intensive） • 数据密集型（data-intensive） • 网络密集型（network-intensive） 并行计算机发展史 • 计算密集型（compute-intensive） • 数据密集型（data-intensive） • 网络密集型（network-intensive） 串行计算（serial） • 串行计算是绝大多数程序执行的形式，每个CPU 同时只能执行单个指令（instruction） • 一个问题可以分解为多个离散的指令（discrete instructions） • 多个指令按照时序在一个CPU 上执行 并行计算（parallel） • 程序可以分解为多个子问题(subproblem) ， 每个字问题由单独的几个指令组成 • 每个模块在一个CPU 上执行，这些模块可 以并发（concurrently）执行 并行计算的例子 sum = 0 mysum = 0 do i = mystart,myend