WS2FLI1蛋白融合区二级结构和B细胞表位预测.PDFVIP

曹 　凯等 　尤文肉瘤 EW SFL I1蛋白融合区的二级结构及 B 细胞表位的预测 　第 1期 ·11 · 尤文肉瘤 EW SFL I1蛋白融合区的二级结构及 B细胞表位的预测① ② ③ 曹 　凯 　黄 　路 　安 　洪 　舒 　勇 　韩智敏 　黄山虎 　廖 　翔 (南昌大学第一附属医院骨科 ,南昌 330006) 　　中国图书分类号 　R392 2　　文献标识码 　A 　　文章编号 　1000484X( 2008) [摘 　要 ] 　目的:预测尤文肉瘤 EW SFL I1蛋白融合区的二级结构及 B 细胞表位 。方法 :采用 SOPM / SOPMA 法 、Chou - Fasm an法和 Karp lu sSchu lz法预测 EW SFL I1蛋白的二级结构 ;综合分析蛋白的柔性结构 、亲水性 、表面可及性与抗原性 ,通过 预测数据再确定 EW SFL I1蛋白融合区的抗原表位 。结果 : EW SFL I1蛋白的二级结构主要为柔性区域 ,位于 EW SFL I1蛋白 N 端 5, 2330, 32 , 3649 , 62 , 69100 , 118123, 128132 , 135, 137170 , 173179, 183271, 276286, 29 130 1, 3 173 19 , 32833 1, 346 α β 353, 396400, 407408, 426438 区段 ; 螺旋位于 N 端 1015, 34 , 55, 106107 , 3063 16, 340345, 359362 , 386392 区段 ; 折叠 位于 N 端 20, 22 , 5052 , 6567, 102 107 , 272 , 274 , 289290 , 323, 325327 , 37 1375, 380384 , 422 424 , 446447 区段 ; B 细胞表位位 于 N 端 6979 , 99114 , 128152 , 16717 1, 194 208, 248265, 397406 区段 ,融合区 B 细胞表位位于 N 端 248265 区段 。结论 :应 用多参数预测 EW SFL I1蛋白融合区的二级结构与 B 细胞表位 ,为蛋白特征及复合表位疫苗的进一步研制奠定了基础 。 [关键词 ] 　尤文肉瘤 ; EW SFL I1蛋白;二级结构 ; B 细胞表位 Pred iction for secondary structure and B cell ep itopes of fu sion reg ion in EW S FL I1 prote in of Ew ing ’s sarcom a CA O Ka i, HUAN G L u, AN H ong, SHU Yong, HAN Z h iM in, HUAN G S han H u, L IA O X iang. D ep a rtm en t of O rtho p aed ics, the F irs t Aff ilia ted H osp ita l of N anchang Un ivers ity, N anchang 330006, Ch ina [ A b stract] 　O bjective: To p redict the secondary structure and B cell ep itop es of fu sion region in EW SFL I1 p rotein of Ew ing ’s sarcom a. M ethods: The secondary structure of EW SFL I1 p rotein wa s p redicted by SOPM / SOPMA , ChouFa sm an and Karp lu sSchu lz. Hydroph ilicity, surface acce ssib ility and antigen icity were aggregately analyzed