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引物探针的设计流程
引物探针的设计流程
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引物探针的设计流程
选择目标基因 / SNP位点
设计探针和引物
筛选引物、探针，优化各组分浓度
验证
完成
2
选择目的基因/SNP位点
3
序列查找
4
设计探针引物
5
探针设计原则
• 优先考虑探针位置
• 探针的5端第一个碱基不能是G
• 基因表达探针Tm值：68-70C ；基因分型探针Tm值：65-67C
• TaqMan探针长度13-30bp，TaqMan-MGB探针长度在13-25bp
• 避免同一碱基重复过多，特别是连续4个或更多的G
• C比G多的探针效果更好，如果C少于G，选择其互补链
• 多态位点应尽量位于探针中央，可以±3个碱基
6
基因表达探针
R Q
TaqMan探针
3
Exon 1 Exon 2 Exon 3
基因表达、cDNA定量研究中，特别设计探针跨过两个外显子，以增强扩增特异性
7
基因分型探针
DO NOT
polymorphism
PLACE HERE
N N N N N N N N N N N N N N N N N N N
Try to position the If necessary, put the
polymorphism here polymorphism here
(central third) (region of MGB)
8
TaqMan MGB探针
(non-fluorescent quencher) NFQ
Q
R Q
AGGCCTTGAGAGATAT MGB
(mino
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