国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP芯片检测及-中国水产科学.PDFVIP

中国水产科学 2018 年5 月, 25(3): 485493 Journal of Fishery Sciences of China 研究论文 DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17340 国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP 芯片检测及遗传分析 1 1 2 3 1 1 4 赵紫霞 , 许建 , 白庆利, 杨世勇 , 蒋立坤 , 陈葆华, Palti Yniv , Gao Guangtu4 , 徐鹏1, 5 1. 中国水产科学研究院, 农业部水生动物基因组学重点实验室, 渔业生物技术北京市重点实验室, 北京 100141; 2. 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所, 黑龙江 哈尔滨 150070; 3. 四川农业大学 动物科技学院, 四川 雅安625014; 4. National Center for Cool and Cold Water Aquaculture, ARS-USDA, Kearneysville, WV 25430, USA; 5. 厦门大学 海洋与地球学院, 福建省海洋生物资源开发利用协同创新中心, 福建 厦门 361102 摘要: 本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K 单核 苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)芯片, 检测了来自不同地域的6 个虹鳟养殖群体样本共计48 尾, 包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟, 共获得有效 SNP 位点 50201 个, 在 中国虹鳟中的多态比例达到 97.7%, 表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计, 但对中国群体同样具有良好 的适用性。各群体最小等位基因频率均值为 0.240~0.267, 与国外主流养殖群体相近, 黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北 京虹鳟群体内遗传多样性丰富, 多态位点比例为83.6%~84.9%, 与国外主流养殖群体相近, 而黑龙江金鳟、四川金 鳟和北京金鳟, 多态位点比例相对较低, 在 60.2%~76.9% 范围内。应用 6 个中国虹鳟群体和 2 个美国虹鳟群体数 据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE 分析, 结果显示8 个群体可分为3 个祖源类群, 其 中3 个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群, 黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群, 而四川虹鳟与2 个美国虹鳟群 体为一个类群, 部分中国养殖群体中有显著离群个体存在, 表明群体遗传背景不均一。本研究表明, 高密度 SNP 芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景, 能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种 工作提供基因组水平的参考信息。 关键词: 虹鳟; SNP 芯片; 遗传多态性; 群体结构 中图分类号: S917 文献标志码: A 文章编号: 10058737(2018)03048509 虹鳟(Oncorhynchus mykiss)是世界性的养殖 国并非虹鳟原产地, 缺乏自然栖息群体, 育种群 鱼类, 自19 世纪在美国人工养殖成功以来, 养殖 体的遗传多样性受限于少量的引进亲本, 可能存 地域逐步扩大到除南极洲以外的所有大陆, 目前 在种质退化的风险, 此外自繁制种现象在一些小 纳入联合国粮食与农业组织(Food and Agriculture 规模养殖机构普遍存在, 带来系谱缺失、近亲繁 Organization of the United Nations, FAO)虹鳟年度 殖、遗传背景混杂等隐患, 因而, 迫切需要厘清中 产量统计的国家已达80 多个[1] 。中国虹鳟养殖始 国虹鳟养殖群体