分子标记辅助育种课件.ppt

Mardler×百农3217的近等基因系 不同作图群体的特点 4.5 ISSR标记（Inter-simple sequence repeats） Zietkiewicz提出，检测的是两个SSR之间的一段短DNA序列上的多态性。 原理：利用真核生物基因组中广泛存在的SSR序列，设计出各种能与SSR序列结合的PCR引物，对两个相距较近、方向相反的SSR序列之间的DNA区段进行扩增。 4.6 SSCP (单链构象的多态性) (Single Strand Conformation Polymorphism) AT GC 变性 复性 SSCP (单链构象的多型性) (Single Strand Conformation Polymorphism) 家 猪 氟 烷 基 因 SSCP 图 谱 MNAAAAAAAAAAA mRNA MNAAAAAAAAAAA NMTTTTTTTTTTTTT 扩增 电泳 回收，克隆 测序，探针 MNAAAAAAAAAAA NMTTTTTTTTTTTTT cDNA 4.7 DD-PCR (Differential display-PCR) 3’端锚定引物: 11个或12个连续的T加上两个3’-端锚定的脱氧核苷酸组成 10-mer的随机引物 DD-PCR ( 基于PCR的差异显示 ) 技术： cDNA 合成 random primer PCR anchor primer PCR 依赖： 等位基因在转录水平上的差异表达； 等位基因的结构变异； DD-PCR 技术： Rare cutter RE (6 Nt site，EcoRI) Frequency cutter RE (4 Nt site，TaqI，MseI) adapter sequence primer(adapter + Cutting site) PCR PAGE 依赖： RE切点的突变 切点3’序列的突变 4.8 AFLP标记 1993年 Zabeau 和Vos发明 是RFLP 和PCR相结合的一种技术。 AFLP技术流程 酶切 连接 预扩增 选择性扩增 电泳 AgNO3染色 基因组DNA的提取 结果分析 AFLP procedure AFLP引物 1.核心碱基序列(core)：与接头互补 2.限制性内切酶识别序列（ENZ) 3.引物3’末端的选择碱基(EXT) EcoRI adaptor: 5’--CTCGTAGACTGCGTACC--3’ 3’--CTGACGCATGGTTAA5’ E00: 5’--GACTGCGTACCAATTC3’ MseI adaptor: 3’—AATGAGTCCTGAGTAG—5’ M00 5’— TACTCAGGACTCAT--3’ 3’—GAGTCCTGAGTAGCAG--5’ 52 优点： 只需要极少量的DNA模板； 不需要Southern杂交； 不需要预先知道DNA的序列信息； 重复性好，可快速获得大量信息。缺点：受专利保护 AFLP标记 51 AFLP ( Amplified Fragment Length Polymorphism ) 五、分子标记在生物技术中的应用 1.建立高密度的遗传连锁图谱 2.遗传多样性和物种亲缘关系 3.利用DNA分子标记可以鉴别品种，评估 品种纯度 4.育种中的分子标记辅助选择 第二节 重要农艺性基因连锁标记的筛选技术 一、MAS育种的分子标记具备的条件 1.分子标记与目标基因紧密连锁 2.标记适用性强,重复性好,经济简便的检测大量个体 3.不同遗传背景选择有效 二、遗传图谱构建与重要农艺性状基因的标记 把分子标记定位在物种的染色体上或连锁群上而构建分子遗传连锁图谱的过程。  C006 ? 1.1 Satt038 ? 1.0 B053V 0.9 ? Satt309 ? 2.1 rhg1 ?