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关于HIV-1 pol基因的比较分析 摘要 HIV是RNA病毒，属慢病毒科(Lentiviridae)，为正链RNA病毒，由两条相同的线状RNA组成，两条链通过氢键形成二聚体。病毒基因组长约9.7KB，共由9个基因片段，3个结构基因编码病毒结构蛋白。pol基因序列为:NH-蛋白酶-逆转录酶(p66／p51)(p32)—COOH。本课题研究蛋白酶和逆转录酶段序列。由于逆转录酶缺乏3′→5′外切酶活性，使得HIV在复制的过程中不能对错误掺入的单核苷酸加以校正，从而表现出易错倾向，这是HIV产生高度变异的最重要的原因。本课题主要运用PHYLIP、TREEVIEW和CLUSTALX等软件，对HIV-1的pol基因进行了序列相似性比较。系统发育推断软件PHYLIP即是Phylogeny Inference Package的缩写，共包括37个程序, 按照所处理数据对象的不同可分为五类。PHYLIP的大多数程序运行时, 从一个名为“infile”的输入文件读入数据, 如果没有该文件, 程序将会询问你输入文件的名称。然后会出现一些应答选项让你选择。最后输出结果到outfile或treefile文件中。CLUSTALX是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本PHYLIP,TREEVIEW,CLUSTALX,进化树，genetic distance 1 绪论 1.1 课题背景及目的 1.1.1 HIV概述 HIV是RNA病毒，属慢病毒科(Lentiviridae)，于1983年首次在法国一位患慢性淋巴结综合症的病人身上发现。一年后，类似的病毒 在美国的一位患艾滋病的患者身上发现 。当初这种病毒被认为是一种癌病毒，与人的T-细胞白血病病毒（HTLV-1）HTLV-Ⅲ，后来发现它是慢病毒的一种，改为HIV[1]。 艾滋病毒粒子呈球形，直径约90-120nm,外包被着两层脂质组成的脂膜，其上结合有许多糖蛋白分子（主要是gp41和gp120），该膜脂源于寄主细胞的外膜，蛋白质p24和p18组成其锥形核心，内有基因组RNA链，链上附着有反转录酶，其功能是催化病毒RNA的反转录（图1.1）[8]。 目前较为一致的观点是：HIV是由猴免疫缺陷病毒(SIV)的跨物种传播而进入人类的。其中HIV-1可能起源于黑猩猩的SIVcpz，而HIV-2可能起源于乌黑白脸猴的SIVsm或短尾SIVstm。SIV在天然宿主中是不引起类似人类艾滋病的症状的，只有发生跨物种传播时，才能引起新物种的免疫缺陷症状的产生。这种假说得到了病毒基因组的相似性、分类学上亲缘关系、在天然宿主中的流行程度、地理分布的一致性和传人的可能途径等方面的证明[3]。 迄今为止，全球流行的HIV 根据血清学反应和病毒核酸序列测定可分为二型，HIV-1型和HIV-2型[4]。HIV-1在世界各地都有流行，而HIV-2主要在西非流行，HIV-1和HIV-2在基因序列上差异甚大，以至于它们的外膜糖蛋白常常不能引起交叉免疫反应[6]。HIV-1型根据编码包膜蛋白的env基因和编码壳蛋白的gag基因序列的同源性又进一步分为三个组，M 组(main即主要组)、O组(outline即外围组)和N组(new，or non-M，non-O即新组或非M 非O组)，M 组内又可分为A-J10个亚型。在HIV-1和HIV-2二型核苷酸序列只有45％HIV-1型的各亚型之间的基因离散率是20％～35％7％ ～20％O组是1990年从喀麦隆和加蓬分离到的，与M组其它亚型的氨基酸序列只有50％的同源性。N组是最近才从2例喀麦隆病人分离到的，在系统树上，既不属于M 组，也不属于O组的一组新病毒，故称N组[4]。 HIV-1为正链RNA病毒，由两条相同的线状RNA组成，两条链通过氢键形成二聚体。病毒基因组长约9.7KB，共由9个基因片段，3个结构基因编码病毒结构蛋白：gag基因编码核心蛋白p17，p24和p13等，env基因编码包膜蛋白gp120，gp41，pol基因编码病毒复制所必需的逆转录酶，内切核苷酸酶和蛋白合成酶。HIV还有6个开放读码框架(open reading frames，ORF)3个是调节基因，tat基因是反式正向调节基因,能增加所有基因表达，rev基因能增加gag和env基因表达，nef基因为反式负向调节基因，另3种基因与病毒的成熟，装配和释放有关，vif基因编码病毒传染因子．vpu基因编码病毒蛋白U，vpr基因编码病毒蛋白R。HIV-2与HIV-1核苷酸序列差异较大,仅40％～5O％HIV-2无vpu基因，而存在vpx基因[7]（图1.2）。 长末端重复序列(LTRs)：在HIV5’端和3’端各有一LTR．它包含调控病毒基因表达的DNA序列，每个LTR约