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生物信息学的产生和发展 人类基因组计划： 1990年，国际人类基因组计划启动，预算30亿美元，被誉为生命科学“阿波罗登月计划”，参与国：美、英、日、德、法； 1997年，在耗费了巨额资金和一半预定时间之后，仅完成了3%的工作； 1998年，Craig Venter创立Celera公司； 1999年， Celera公司在无政府资助下，赶超了多国合作小组； 1999年，中国加入多国合作小组，负责测定基因组全部序列的1％； 2000年，在美国总统克林顿的协调下， Celera公司与多国合作小组合作，宣布完成了人类基因组草图的90％； 2001年，完成了人类基因组草图的99％， Celera公司与多国合作小组合作几乎同时分别在Science和Nature上独立发表自己的草图； 2003年，人类基因组序列图绘制成功，彻底完成。 * 生物信息学的定义 美国国家基因研究中心：生物信息学是一个代表生物学、数学和计算机科学的综合力量的新兴学科。 美国乔治亚理工大学：生物信息学是采用数学、统计学和计算机等方法分析生物学、生物化学和生物物理学数据的一门综合性学科。 美国密苏里大学：生物信息学是获知、管理和处理生物信息的科学与技术。 美国加州大学洛杉矶分校：生物信息学是对生物信息和生物学系统内在结构的研究，它将大量系统的生物学数据与数学和计算机科学的分析理论及使用工具联系起来。 中国军事医学科学院欧阳曙光：生物信息学是研究生物信息的采集、处理、储存、传布、分析和揭示的科学，它通过综合数学、计算机科学与工程学、生物学的工具和技术，揭示大量而复杂的的生物数据所赋有的生物学奥秘。 山东大学生院魏天迪：生物信息学是用计算机解决生物问题。 * 生物信息学的发展方向 一、算法、软件和数据库的开发 背景：数学、物理、计算机科学 例如：重复序列蛋白质模板拼接建模算法 EnsemLoc蛋白质亚细胞定位软件 TollML和LRRML数据库 二、算法、软件和数据库的应用 背景：生物、医学、化学 例如：Toll样受体及相关蛋白质的结构、功能 与进化学的研究 * Bioinformatics Nucleic acid Protein Others Sequencing Database Transcriptional regulation prediction Gene prediction Molecular evolution RNA secondary structure prediction Genomics Database Secondary/3D structure prediction Docking Molecular dynamics simulations Molecular design Drug design Proteomics Metabolic network System modeling Bioimaging 生物信息学的研究对象 * 基因组测序 * 基因组测序 测序仪：2000年，荧光自动测序仪（第一代）；当前，高通量测序仪（第二代） * 基因组测序 * 基因组测序 2012年2月英国牛津纳米孔公司发布公告称，两年内将推出U盘测序仪产品MinION，个人基因组的测序将在15分钟内完成。2014年初兑现承诺，目前产品正在试用期，价格为1000美金左右。2014年6月美国罗氏公司以3.5亿美金收购了纳米孔公司。 * 基因组测序 2013年11月25日，MinION试用计划启动。参与者须支付1000美元的押金以及运费，而后将收到一台MinION测序仪，包括测序USB装置、流动槽和软件。2014年2月18日，牛津纳米孔公司公布了首批测序数据。文库制备的基本步骤是从高分子量DNA开始的，片段化DNA，无需大小选择，再连接接头。纳米孔中的酶使其变成单链DNA，再通过纳米孔。随着单链DNA 通过纳米孔，测序系统根据电流变化确定DNA序列。 * 生物数据库 1. 核酸数据库 国际核苷酸序列数据库 2. 蛋白质数据库 = 3. 蛋白质结构数据库 4. 其他专项生物数据库 * 基因预测 外部预测法 从头预测法 比较基因组法 * 基因预测 外部预测法 从头预测法 比较基因组法 基于其他大量已知基因情况的核酸序列（基因组），对目标核酸序列进行相似性搜索。 * 基因预测 外部预测法 从头预测法 比较基因组法 不与其他核酸序列进行比