并行基因组装Jintao Meng - 高性能.pptxVIP

博士论文答辩高可扩展基因组组装研究答辩人：孟金涛导 师：赵晓芳，冯圣中中科院计算技术研究所2016-5-24时限：30分钟 感谢各位专家莅临答辩会内容提要1、选题依据6页2、研究现状与挑战6页3、研究内容、目标1页4、采取的研究方案4页5、已取得进展 5页6、参考文献2页7、下一步工作3页选题依据-超级计算使命超级计算辅助应用科学研究目标一个基础性突破，创造千亿产值的新产业例如生物： HIV治疗药物，基因编辑技术交通： 未来卡车，新型飞行器能源： 光能储存，太阳能动力系统 …选题依据-EB级数据，生命信息测序费用不断降低，测序通量每9个月提高1倍数据总量每年翻番现有数据已接近PB级，数据增长趋势还在加速生命科学和医疗健康正转变为大数据和超级计算驱动千人基因组数据万万亿次超级计算机大数据挖掘工具遗传、变异统计分析蝾螈30G参考序列巨噬细胞再生能力河豚毒素裸子植物重要药用价值丰富的基因资源优良品种育种经济效益 1TB 8TB 200TB研究现状-基因组装技术发展S.aluru, Mihai PopSL. Salzberg, JT SimponPevzner PA, Tang H, MS Waterman组装技术时间轴1982197920012009OLC, DBG, String策略并行组装贪心策略Staden ROLC: SSAKE, CeleraDBG:Zerbino (2