对虾科线粒体基因组特征及基因差异位点分析-水产科学.PDF

第29卷第12期 水 产 科 学 V01．Z9No．12 2010年12Jj FISHERIESSCIENCE Dec．2010 对虾科线粒体基因组特征及基因差异位点分析 申 欣1’2 (1．淮海工学院海洋学院，江苏连云港222005；2．中国科学院海洋研究所， 山东青岛266071) 擒耍：通过长PCR扩增获得凡纳滨对虾和中国明对虾的线粒体DNA，进而采用步移测序、序列拼接 获得2个对虾类线粒体基因组的全序列。结合斑节对虾、日本囊对虾、细角滨对虾和加州美对虾的线 粒体基因组．初步揭示了对虾科线粒体基因组的基本特征。6个对虾类线粒体基因组的基因排列与泛 甲壳动物线粒体基因组的原始排列完全一致。对虾类线粒体基因组所有的主编码基因中。变异程度最 高的是nad2和nad6基因。因此，nad2和nad6基因可以作为CO)【l基因辅助的分子标记，为对虾类生物 多样性的保护及对虾类生物资源合理、高效利用等诸多方面提供参考． 关键词：对虾科；线粒体基因组；差异位点；分子标记 中图分类号：Q786 文献标识码：A 文章编号：1003—1111(20lO)12—0711-07 世界海洋，尤其是亚洲和美洲的温暖浅海海 考。 域，虾类资源相当丰富。世界海产虾类每年总产量 1材料与方法 可达二百多万吨，其中主要是对虾类[1]。对虾类作 1．1样品采集和基因组DNA的提取 为海洋渔业和水产养殖中非常重要的经济类群，其 凡纳滨对虾和中国明对虾的活体购于青岛南 遗传学背景、基因的变异程度对于我们合理、高效 山水产品市场。肌肉组织剥离后，冰箱一80℃冷冻 的利用对虾类生物资源是至关重要的。笔者通过 保存。根据使用说明，用DNeasy提取试剂盒(Pro— 长PCR扩增获得凡纳滨对虾(Litopenaeusoan- mega)获得凡纳滨对虾和中国明对虾的基因组 chinensis) namei)和中国明对虾(Fenneropenaeus DNA，溶于TE缓冲液中，冰箱4℃保存。 的线粒体DNA，进而采用步移测序、序列拼接获得 1．2 Long-PCR扩增及步移法测序 2个经济物种的线粒体基因组全序列。在GenBank 通过Long—PCR技术‘53获得凡纳滨对虾和中 对虾科线粒体基因组的数据库中。除了本课题组测 国明对虾的线粒体DNA。根据凡纳滨对虾、中国 定的凡纳滨对虾和中国明对虾外，还有4个线粒体 明对虾的EST数据与斑节对虾、日本囊对虾的线 基因组，分别是斑节对虾(Penaeus monodon)、日本囊 粒体基因组的BLAST比对结果，设计了4对 对虾(Marsupenaeus japonicus)、细角滨对虾(L． cali— Long—PCR引物，以扩增得到凡纳滨对虾和中国明 stylirostr