烟草MITE位点间多态性IMP标记开发及其遗传作图应用.PDFVIP

  浙江大学学报 （农业与生命科学版） 38(6) ：655~661，2012 Journal of Zhejiang University (Agric. Life Sci.) /agr E-mail: zdxbnsb@ DOI: 10.3785/j.issn.1008-9209.2012.01.221 烟草 MITE 位点间多态性 (IMP) 标记开发及其遗传作图应用 1 2 1* 2 2 2 高玉龙 ，桂毅杰 ，肖炳光 ，薄世平 ，严广号 ，樊龙江 （1.云南省烟草农业科学研究院，云南 玉溪 653100 ；2.浙江大学 农业与生物技术学院 农学系，浙江 杭州 310058 ） 摘要 为在烟草 (Nicotiana tabacum) 上进行IMP (inter-MITE polymorphism, MITE位点间多态性) 标记开发，利用 美国烟草基因组测序数据和MITE (miniature inverted repeat transposable element ，微型反向重复转座元件) 结构特 征，通过生物信息学方法获得11 581组具有特异TIR (terminal inverted repeat ，末端重复元件) 序列的MITE及其多 序列联配结果，并根据联配结果设计219条烟草IMP 引物；利用9个不同类型烟草代表性品种进行测试，其中119 条引物PCR扩增成功，引物开发成功率为54.6 %；进一步对一个烤烟遗传群体亲本‘红花大金元’和‘Hicks Broadleaf ’ 进行标记筛选，共获得29个多态性标记，群体检测表明有21个标记可以整合定位到一个SSR标记遗传连锁图上. 说 明IMP标记在烟草中是一种可以利用的分子标记，但跟其他标记一样表现出较低的多态性，需高通量检测平台与 之配套来提高其开发效率. 关键词 烟草；微型反向重复转座元件 (MITE) ； MITE位点间多态性 (IMP) ；分子标记；遗传图谱 中图分类号 Q 78             文献标志码 A Development of tobacco inter-MITE polymorphism (IMP) markers and its application in genetic mapping. Journal of Zhejiang University (Agric. Life Sci.), 2012, 38(6): 655-661 1 2 1* 2 2 2 GAO Yu-long , GUI Yi-jie , XIAO Bing-guang , BO Shi-ping , YAN Guang-hao , FAN Long-jiang （1. Yunnan Academy of Tobacco Agricultural Sciences, Yuxi, Yunnan 653100, China; 2. Department of Agronomy, College of Agriculture Biotechnology, Zhejiang University, Hangzhou 310058, China ） Summary DNA transposable elements require the transposase from an autonomous parent