嗜盐古生菌AJ4中BR蛋白基因部分片段和16SrRNA基因序列研究.PDF

ISSN 中国生物化学与分子生物学报 2004 年 2 月 CN 　113870Q Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology 20 ( 1) :55～60 嗜盐古生菌 AJ4 中 BR 蛋白基因部分片段 和 16S r RNA 基因序列研究 1) 1) 1) 2) 2) 许学伟 , 　吴 　敏 , 　阮 　红 , 　洪 　洁 , 　黄伟达 ( 1) 浙江大学生命科学学院 ,杭州　310027 ;2) 复旦大学生命科学学院 ,上海　200433) 摘要 　为了研究分析新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质 (bacteriorhodopsin , BR) 蛋白资源 ,对分离纯化到的极端嗜盐古生菌AJ4 ,采用 PCR 方法扩增出其 16S ( ) rRNA 基因 16S rDNA 和编码螺旋 C 至螺旋 G 的BR 蛋白基因片断 ,并测定了基因的核苷酸序列. 通过 BR 蛋白部分片段序列分析表明 , BR 蛋白中对于完成质子泵功能以及与视黄醛结合的关键性 氨基酸残基均为保守序列 ,位于膜内侧的序列比位于膜外侧的序列更保守 ;基于 BR 蛋白基因和 16S rDNA 序列的同源性比较以及 16S rDNA 序列的系统发育学研究表明 ,AJ4 是 Haloarcula 属中新 成员. 由此建立了一种快速筛选具有新BR 蛋白的新嗜盐古生菌的方法. 关键词 　嗜盐古生菌 ,细菌视紫红质 ,16S rDNA ,系统发育 中图分类号 　Q78 ,Q93 Partial Sequence of the Gene for a Ne w BR Protein , and Nucleotide Sequence of 16S r RNA Encoding Gene from a Halophilic Archaeum AJ4 1) 1) 1) 2) 2) XU Xuewei , WU Min , RUAN Hong , HONGJie , HUANG Weida ( 1) College of Life Sciences , Zhejiang University , Hangzhou 　310027 , China ; 2) College of Life Sciences , Fudan University , Shanghai 　200433 , China) Abstract 　In order to study the species and bacteriorhodopsin (BR) protein resource from Ayakekum Lake in the Altun Mountain National Nature Reserve Region of Xinjiang , a strain of halophilic archaeum AJ4 was isolated. 16S rRNA encoding gene and a part of the gene coding for a BR protein from AJ4 were amplified by PCR , and the nucleotide sequences w