产甲烷常温古细菌和嗜热古细菌代谢网络拓扑结构与-生命科学研究.PDFVIP

15 卷 3 期 生命科学研究 灾燥造援员5 晕燥援3 圆园11 年6 月 蕴蚤枣藻 杂糟蚤藻灶糟藻 砸藻泽藻葬则糟澡 Jun. 圆园11 产甲烷常温古细菌和嗜热古细菌代谢网络拓扑结构 与功能间的关联性研究 1 1 2* 1* 璟 丁彦蕊 须文波 ， 1. 江南大学 物联网工程学院 中国江苏无锡 214122 ； ， 2. 工业生物技术教育部重点实验室 中国江苏无锡 214122 ） 摘 要 根据从KEGG 数据库获得的产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans 渊MAC 冤 和嗜热古细菌 Methanop yrus kandleri 渊MKA 冤的代谢网络 通过不同的网络属性特征的比较 发现常温古细菌MAC 的代谢网 络比嗜热古细菌MKA 有更长的平均路径长度 更大的直径 这表明常温古细菌MAC 的总体结构是相对低密 度尧松散的网络结构. 同时为了从系统水平上分析这些特征蕴含的功能意义 采用了Grivan 和Newman 提出的 模块算法渊简称GN 算法冤分析这两个生 体的功能模块 并将所得的结果与KEGG 数据库中的途径信息进行 比较研究 发现大部分模块对应2 ~ 4 个KEGG 途径 表明这些网络模块均具有一定功能意义. 关键词 代谢网络曰 古细菌曰 产甲烷菌曰 社团结构曰 模块性曰 GN 算法 中图分类号 Q591.1 文献标识码 A 文章编号 1007 7847 渊20 11冤03 0189 06 The Relationship Between Topologies and Functions in Metabolic Networks of Mesophilic and Thermophilic Archaea Methanogen 1 1，2* 1 CHEN Jing ，DING Yan rui ，XU Wen bo 1. School of Internet of Things Engineering ，Jiangnan Univ ers ity ，Wuxi 214 122 ，Jiangsu ，China ； 2. The Key Laboratory of Industrial Biotechnology ，Ministry of Education ，Wuxi 2 14122，Jiangsu ，China） Abstract ：Based on the metabolic maps of mesophilic archaea methanosarc ina acetiv orans MAC ）and ther mophilic archaea methanop yrus kandleri MKA ）derived from KEGG database ，their respective network properties were compared. It was found that the average path lengths and diameters of MAC were longer than those in MKA ，which suggested an