葡萄EST鄄SSR标记的开发及其应用-南京农业大学学报.PDF

摇 南京农业大学学报摇 2011,34(4):23-30 摇 Journal of NanjingAgricultural University http:/ / 試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試 郭磊,上官凌飞,房经贵,等.葡萄EST鄄SSR标记的开发及其应用[J].南京农业大学学报,2011,34(4):23-30 葡萄EST鄄SSR标记的开发及其应用 1 1 1* 2 1 郭磊 ,上官凌飞 ,房经贵 ,刘崇怀 ,于华平 (1.南京农业大学园艺学院/ 江苏省果树品种改良与种苗繁育工程中心,江苏 南京210095; 2.中国农业科学院郑州果树研究所,河南 郑州450009) 摘要:从NCBI公共数据库中随机下载葡萄表达序列标签(expressedsequencetag,EST)8925条,利用Phrap软件对这些序列 进行拼接后形成5 642条序列,利用MISA软件共发掘出含有SSR位点的序列336条,共含有367个SSR位点,候选SSR位 点出现的频率为6.50%。 二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为79(21.53%)、 83(22.62%)、29(7.9%)、60(16.35%)和116(31.61%)。 利用Primer3.0 Plus软件随机设计50对引物进行PCR扩增,用 6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析这些SSR引物的PCR扩增产物多态性。 50对引物中有36对引物能在20个葡萄品种 中扩增出理想的PCR产物,占总引物的72%。 其中,26对引物扩增条带具有多态性。 利用16对经过验证的EST鄄SSR引物 对20个葡萄品种亲缘关系的分析获得了理想的研究结果。 关键词:葡萄;EST;SSR;遗传多样性 中图分类号:S663.1摇 摇 摇 摇 文献标志码:A摇 摇 摇 摇 文章编号:1000-2030(2011)04-0023-08 Development of SSR markers from grape ESTs and its application 1 1 1* 2 1 GUO Lei ,SHANGGUAN Ling鄄fei ,FANGJing鄄gui ,LIU Chong鄄huai ,YU Hua鄄ping (1.College of Horticulture/ Fruit Grop Genetic Improvement and Seeding Propagation Engineering Center of Jiangsu Province, Nanjing Agricultural University,Nanjing210095,China;2.Zhengzhou Fruit Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences,Zhengzhou450009,China) Abstract:A total of 8 925 grapevine EST(expressed sequence tag)sequences were randomly downloaded from NCBI,and were further assembled into5 642 uniform sequences using Phrap software.These sequences were screened by using MISA software to search