扩展的隐藏马尔柯夫模型-东南大学生物电子学国家重点室.PPTVIP

基因识别 2、真核基因识别问题 3、基因识别的主要方法 4、编码区域识别  5、构建基因模型 位点图（分层标注剪切位点） 6、用于基因识别的HMM模型 (1) 信号传感器模型 (2) 编码区模型 (3) 组合模型 ７、基于剪切比对的基因识别方法 ８、基因识别程序介绍 基因剪切位点 剪切给体（donor）位点- “gt” 接受体（acceptor）位点- “ag” 基因的可变剪切 gene A 基因可变剪切示意 构建基因模型方法 剪切位点形成外显子和内含子的边界 搜集候选外显子 → 候选基因 候选基因是一条非相交的外显子和内含子的链，表示为 （i0, e1, i1, …, en, in） 其中ij代表内含子（0?j?n） el代表外显子（1?l?n） i0和in并非真实的内含子，它们分别代表基因两侧的非编码序列 候选基因位于给定的DNA序列，并满足下列一致性条件： （1）所有外显子加起来的长度是3的整数倍； （2）在各个外显子内部（除最后一个外显子的最后一个密码子），没有终止编码； （3）第一个内含子-外显子边界（i0, e1）是翻译起始编码，而最后一个外显子-内含子边界（en, in）是终止编码。 另设两个特殊的顶点，即起点（source）和终点（sink）。 从起点到终点的任何一条路径代表一个可能的基因