从江香猪基因组甲基化修饰及SNP与生长性状的关联研究-基础兽医学专业论文.docxVIP

目 录 缩 略 词 表 5 中文摘要 7 第一章 前 言 10 1.1 从江香猪 10 1.2 DNA 甲基化简介 11 DNA 甲基化酶（DNMTs） 12 DNA 去甲基化 14 1.2.3 DNA 甲基化的生理机能 15 1.2.4 DNA 甲基化的研究方法 16 .全基因组 SNP 研究 19 1.3.1 单核苷酸多态性 19 1.3.2 基因芯片技术 19 SNP 芯片 20 QTL 定位 21 1.3.5 猪全基因组水平 SNP 研究进展 22 1.4 研究目的及意义 23 第二章 材料与方法 24 2.1 实验材料及试剂 24 2.1.1 实验材料 24 2.2 实验方法 29 2.2.1 血液基因组 DNA 的提取 29 2.2.2 MSAP 分析 30 2.2.3 猪全基因组 SNP 研究 36 第三章 结果 40 3.1 体尺指标的测定 40 3.2 血液基因组 DNA 的检测 41 3.3 20 日龄从江香猪甲基化敏感多态性扩增（MSAP）分析 41 3.3.1 基因组双酶切结果 41 3.3.2 预扩增结果 42 3.3.3 筛选随机引物结果 43 3.3.4 选择性扩增结果 44 3.3.5 甲基化水平的测定结果 45 3.3.6 甲基化片段的克隆测序及分析 47 3.4 猪全基因组 SNP 研究 51 3.4.1 从江香猪样本体尺指标分析 51 3.4.2 SNP 芯片分析 52 3.4.3 SNP 芯片结果验证 55 3.4.4 生长相关 SNP 的大样本检测 57 第四章 讨论 62 4.1 甲基化水平与香猪体重之间的关系 62 4.2 差异甲基化片段的克隆分析 62 4.3 3 个生长相关的 SNP 研究 64 3 HYPERLINK \l _TOC_250002 4.3.1 INRA0011611 位点 64 HYPERLINK \l _TOC_250001 4.3.2 MARC0076145 位点 65 HYPERLINK \l _TOC_250000 4.3.3 H3GA0051838 位点 66 第五章 小结 67 参 考 文 献 68 致 谢 72 附录： 73 4 缩 略 词 表 Abbreviation 缩写 英文名 中文名 AP Ammonium persulphate 过硫酸铵 AS-PCR bp Allele-specific-PCR Base Pair 等位基因特异性 PCR 碱基对 CHR Chromosome 染色体 DNA Deoxyribonucleic Acid 脱氧核糖核酸 EB EthidiumBromide 溴化乙锭 EDTA EthyIenediamine Tetraacetic Acid 乙二胺四乙酸 FAO Food and Agriculture Organization 联合国粮农组织 g Gram 克 gDNA GO genomic DNA Gene Ontology 基因组 DNA GO 分析 GWAS Genome Wide Association Analysis 全基因组关联分析 kD Kilodalton 千道尔顿 L Liter 升 MAF Minor Allele Frequency 最小等位基因频率 MDS Multidimensional Scaling 多维尺度分析 mg Milligram 毫克 min Minute 分钟 mL Milliliter 毫升 MLM Mixed Linear Model 混合线性模型 mM Na Millimolelliter observed number of alleles 毫摩尔/升 观测等位基因数 NCBI National Center of Biotechnology 美国国家生物技术信息中心 ng Nanogram 纳克 P (No) number of polymorphic loci 多态位点数 5 PCR Polymerise Chain Reaction 聚合酶链式反应 QTL Quantitative Trait Locus 数量性状座位 rpm Rotation Per Minute 转/分 sec Second 秒 SNP Single Nucleotide Polymorphism 单核苷酸多态性标记 TAE Tris-acetic acid-EDTA buffer Tris-乙酸-EDTA 缓冲液 Taq Taq polymerase Taq 聚合酶 TBE Tris-Boric Acid-EDTA buffer Tris-硼酸-EDTA 缓冲液 TE Tris, EDTA (buffer)