PCR产物胶回收实验.docxVIP

实验六 PCR产物胶回收实验 一、实验目的 1. 掌握胶回收的常规操作 2. 了解胶回收PCR产物的目的 二、实验原理 利用胶回收试剂盒纯化PCR产物。本试剂盒提供一个从TBE或TAE电泳缓冲液配制的琼脂糖凝胶中提取高质量DNA的简单、快速、有效的技术，适合从浓度≤3%，高，低熔点琼脂糖凝胶中，回收长度为60bp~23Kb的DNA片段，小于100bpDNA片段回收率为10%~55%，0.1~10kbDNA片段回收率最大为99%，大于10kbDNA片段回收率为20~70%。回收的基因组DNA可以应用到克隆，测序，限制性酶切等各类下游分子生物学实验。 三、试剂及配套设备和材料 3.1 试剂 Extraction buffer Wash buffer Elution buffer 3.2 配套设备和材料 无菌1.5ml离心管 各种规格移液器和无菌移液器吸头 无水乙醇 异丙醇 可能需要3M KAc (pH 5.0) 离心机 四、基本技术参数 提取方法 操作时间 离心柱溶剂 提取DNA片段范围 洗脱液回收率 样本用量 离心柱 16分钟内完成2个样本 750ul 60bp~23kb ≥99% 最大400mg凝胶条 适用琼脂糖种类 适用电泳缓冲液 温育温度 高/低熔点琼脂糖 TAE/TBE缓冲液 50℃（低熔点琼脂糖） 55℃（普通琼脂糖） 五、操作步骤 1. 用干净、锋利的手术刀，将含有目的DNA片段的琼脂糖凝胶切下，并放入1.5或2.0 ml离心管中。 请尽量切去不包含DNA片段的凝胶。一般情况下，电泳的DNA上样量≥50 ul（50ul为最终洗脱体积）。 2. 按1：3的比例（凝胶质量毫克数：融胶液体积微升数）加入Extraction buffer。 例如：100mg凝胶应加入300ul Extraction Buffer。对于每人份试剂用量，凝胶质量不能超过400mg。 3. 于恒温水浴或金属浴中50℃温育，直到凝胶融化。 一般温育时间为10分钟，温育过程中没隔2-3分钟混匀一次。如果温育后，混合液体颜色变紫，请加入10 ul 3M KAc （pH 5.0），使混合液颜色变回黄色。 4. 可选：按1：1的比例（凝胶质量毫克数：异丙醇体积微升数）加入异丙醇，并混合均匀。 如DNA片段大于500bp/小于4kb，不需要加异丙醇。 5. 将混合液全部转移到Spin column内，于6,000g离心1分钟，并弃去接液管内液体。 如混合液体积大于750ul可先转移750ul，其余的液体待离心弃液后，再转移。 6. 向Spin column内加500ul Extraction Buffer，于12，000g离心30~60秒，并弃去接液管内液体。 7. 向Spin column内加750ul Wash Buffer，于12，000g离心30~60秒，并弃去接液管内液体。 如果回收的DNA片段将用于盐浓度敏感的实验，请在加入Wash buffer后静置2~5分钟，再离心。 8. 再次于12,000 rpm离心1分钟，然后将spin column转移到无菌的1.5ml离心管中。 如不进行该步离心，则无法保证离心柱内残液被彻底清除。 9. 向Spin column内加50ul Elution Buffer、水或TE溶液，并于室温静置1分钟。 可根据实验的实际需要决定Elution Buffer用量。但不要低于20ul。 10. 于12，000g离心1分钟，微量离心管内溶液中含有目的DNA片段。 回收的DNA可直接用于各类下游分子生物学实验，如果不立即使用，请保存于-20℃。 六、注意事项 1. 为了保证没有外源DNA的污染，电泳的buffer和gel都是新制的，切胶的台子清理干净，刀片最好洗净灭菌。 2. 为了减少胶的体积，我们可以用相对比较薄的胶来跑电泳，这样可以减少回收试剂引起的一些后续麻烦。 2. 在洗脱前，将洗脱液于30~60℃温浴，可提高提取效率。 七、思考题 1. 简述影响DNA在琼脂糖凝胶中迁移速率的因素。 2. 简述PCR上样缓冲液（loading buffer）的成分及其作用。