化工学院高性能算机集群（HPC）使用说明.ppt

? 在PBS系统中，用户使用 qsub 命令提交用户程序。用 户运行程序的命令及PBS环境变量设置组成PBS作业脚本 ，作业脚本使用如下格式提交到PBS系统运行： qsub PBS作业脚本 qsub -N test.vasp -l nodes=4:ppn=2 -q defaults PBS作业脚本 PBS作业提交基本命令 ? 本质是一个SHELL脚本 ? 注释以“#”开头 ? PBS运行参数，以“#PBS”开头 ? 可以直接调用SHELL命令和系统命令 #PBS -N vasp #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=12:00:00 #PBS -q high cd /home/test/work ./test.exe PBS作业脚本 PBS运行参数 在 PBS 脚本和 qsub 命令行中均有效，qsub命令行参数的优先级更高 运 行 参 数 说 明 -a 作业开始运行的时间 向PBS系统指定作业运行的开始时间。 作业运行时间格式为： [[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS] -A 用户名 使用不同的用户来提交作业，缺省使用当前用户名 -o 标准输出文件的路径 -e 标准错误输出的路径 该参数指定标准错误输出的位置，缺省的情况下，PBS系统把标准输 出和标准错误输出放在用户qsub命令提交作业的目录下。 标准错误输出：作业名.o作业号 标准错误输出：作业名.e作业号 路径使用如下格式标准： [节点名:]路径名 -N 作业名 指定提交的作业名 -q 目标队列 指定作业提交的目标队列，其中目标队列可以是目标队列、目标节点 名或者是目标节点上的队列。如果目标队列是一个路由队列，那 么服务器可能把作业路由到新的队列中。如果该参数没有指定， 命令qsub会把作业脚本提交到缺省的队列中。 -l 申请资源列表 该参数指定作业脚本申请的PBS系统资源列表。 申请资源列表使用如下格式： 资源名[=[数量]][,资源名[=[数量]]， …..] 例如作业希望申请在双路节点上申请5个CPU资源的情况， 则可以在脚本中如下： #PBS –l nodes=2:ppn=2+1:ppn=1 PBS的环境变量 变 量 名 说 明 登陆SHELL继承来的变量 包括$HOME，$LANG，$LOGNAME，$PATH，$MAIL， $SHELL和$TZ。 $PBS_O_HOST qsub提交的节点名称 $PBS_O_QUEUE qsub提交的作业的最初队列名称 $PBS_O_WORKDIR qsub提交的作业的绝对路径 $PBS_JOBID 作业被PBS系统指定的作业号 $PBS_JOBNAME 用户指定的作业名，可以在作业提交的时候用qsub –N 作业名 指定，或者在PBS脚本中加入#PBS –N 作业名。 $PBS_NODEFILE PBS系统指定的作业运行的节点名。该变量在并行机和机群中使 用。当在PBS脚本中用#PBS –l nodes=2:ppn=2指定程序运行的 节点数时，可以使用$PBS_NODEFILE在脚本中引用PBS系统 指定的作业运行的节点名。比如： #PBS –l nodes=2:ppn=2 mpirun –np 4 –machinefile $PBS_NODEFILE 程序名 $PBS_QUEUE PBS脚本在执行时的队列名 # 这是一个串行作业脚本的例子 #PBS -N test #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $HOME/test/ ./a.out $HOME/result/a.result # 这是一个并行作业脚本的例子 #PBS -N vasp_job #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -q low echo This jobs is $PBS_JOBID@$PBS_QUEUE cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 16 -machinefile $PBS_NODEFILE ./vasp PBS脚本举例 PBS脚本举例（续1） ? 有时在PBS脚本中，需要对PBS环境变量的内容进行改造 ? 比如，$PBS_NODEFILE，该文件内容格式为： node1 node1 node2 node2 对于一般MPI程序，可直接将 $PBS_NODEFILE 作为 MPI 的 ”-machinefile”参数，如上例所示 ? 而一些软件有特殊的节点指定格式，比如ANSYS的命令行参数格式为 ： ansys121 -dis -machines node1:2:node2:2 -i test.inp -o test.log ? 这时我们可以对 $PBS_NODEFILE 进行字符处理，得到需要的格式 # 这是一个A