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中国科学: 生命科学 2014 年 第44 卷 第5 期: 1 ~ 9
SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS
论 文
一小时蛋白质组: 基于Q-OT-qIT 质谱系统的蛋白
质组学快速鉴定
† † *
张伟, 顾培明 , 江峥, 明红, 陈伟
赛默飞世尔科技( 中国)有限公司, 上海 201206
† 同等贡献
* 联系人, E-mail: zheng.jiang@
收稿日期: ??; 接受日期: ??
doi: 10.1360/052014- 16
摘要 随着“ 一小时酵母蛋白质组” 的实现, 短梯度下实现蛋白质组深度覆盖成为可能. 关键词
本文利用全新Q-OT-qIT 三合一质谱系统进行“一小时蛋白质组”分析与优化. 50 min 有效梯 蛋白质组学
快速鉴定
度, 单次实验分别从1 μg 和50 ng HeLa 全蛋白中鉴定到20860 和14100 条肽段, 对应到3865
深度覆盖
和2877 个非冗余蛋白, 而目前的文献报道至少需要2~3 h. 同时, 本文考察了Q-OT-qIT 碎 静电场轨道阱
裂模式、检测方法、最大注入时间和自动增益控制等参数对蛋白质组快速分析的影响, 证明 Q-OT-qIT 质谱
了不同采集方法间的互补性, 阐述了不同扫描参数对鉴定结果的影响. 此外, 还讨论了
Q-OT-qIT 的并列运行原理和扫描组合模式, 为不同实验目的和样本类型的蛋白质组快速分
析奠定了基础.
蛋白质组深度覆盖分析(in-depth proteome) 已成 次将四极杆(quadrupole, Q) 、静电场轨道阱(orbitrap,
为蛋白质组学研究的发展趋势, 通过大规模鉴定和 OT)和线性离子阱(linear quadrupole ion trap, qIT) 3 种
挖掘极低丰度的蛋白, 为信号通路、分子靶点和生物 质量分析器集为一体, 利用动态扫描管理技术, 实现
标志物的研究提供重要信息. 然而, 由于全蛋白样本 了3 种质量分析器同时工作并相互协作, 一级、二级
[5]
的复杂性, 蛋白质组深度鉴定对色谱分离要求很高, 扫描同时进行, 使分析效率达到最大化 . Hebert 等
[6]
通常需要进行二维分离(强阴离子交换、高pH 反相等), 人 利用Q-OT-qIT 质谱, 5 次重复实验, 在70 min 有
或使用一维长梯度分离, 以降低高丰度蛋白的干扰 效梯度下鉴定到约 4000 个酵母蛋白, 同样
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