2 生物信息数据库-类型3(精品·公开课件).ppt

* * 5、OMIM OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man),是关于人类基因和遗传疾病的分类数据库 。 该数据库收集了已知的人类基因及由于这些基因突变或者缺失而导致的遗传疾病。 OMIM的使用非常方便 查询程序根据输入到检索窗口的一个或几个词执行简单的查询，返回含有该词的文档的列表，用户可以在列表中选择一个或更多的异常查看其OMIM记录的全文 :80/entrez/query.fcgi?db=OMIM * * 浏览染色体 * * 6、EPD EPD( http://www.epd.isb-sib.ch/ ) 是真核基因启动子数据库 提供从EMBL中得到的真核基因的启动子序列，目标是帮助实验研究人员、生物信息学研究人员分析真核基因的转录信号。 * * 7、TRRD TRRD是一个关于基因调控信息的集成数据库，该数据库搜集真核生物基因转录调控区域结构和功能的信息。 每一个TRRD的条目对应于一个基因，包含特定基因各种结构－功能特性 TRRD6.0包括七个相关的数据表： （1）基因描述表TRRDGENES （2）控制区域表TRRDLCR （3）调控区域表TRRDUNITS （4）转录因子结合位点表TRRDSITES （5）转录因子表TRRDFACTORS （6）表达模式表TRRDEXP （7）实验来源表TRRDBIB * * 8、TRANSFAC TRANSFAC （http://transfac.gbf.de/）是真核基因顺式调控元件和反式作用因子数据库，数据搜集的对象从酵母到人类 TRANSFAC包括6类数据 ： （1）SITE类数据 （2）GENE类数据 （3）FACTOR类数据 （4）CELL类数据 （5）CLASS类数据 （6）MATRIX数据 * * 9、BODYMAP BODYMAP (http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/） 是关于人和老鼠基因表达信息的数据库，基因表达数据来自于不同组织、不同细胞以及不同时刻。这里的基因表达数据实际上是3’端的EST。 通过分析这些数据，用户可以初步掌握基因活性，了解组织中mRNA的组成，研究基因表达规律,发现新的基因 。 * * 10、PROSITE PROSITE ( http://www.expasy.ch/prosite/)是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。 PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等。 PROSITE还包括根据多序列比对而构建的序列统计特征，能更敏感地发现一个序列是否具有相应的特征。 * * 11.KEGG PATHWAY 整合当前在分子互动网络（比如通道，联合体）的知识 GENES/SSDB/KO 提供关于在基因组计划中发现的基因和蛋白质的相关知识， COMPOUND/GLYCAN/REACTION 提供生化复合物及反应方面的知识 （http://www. K） 利用基因信息对更高层次和更复杂细胞活动和生物体行为作出计算推测 * * 12、DBCat DBCat是生物信息数据库的目录数据库，它收集了500多个生物信息学数据库的信息，并根据它们的应用领域进行了分类 DNA RNA 蛋白质 基因组 图谱 蛋白质结构 文献著作等基本类型， （biogen.fr/services/dbcat/） * * DBCat中分类数据库个数 数据对象 数据库个数 DNA 87 RNA 29 Protein 94 Genomic 58 Mapping 29 Protein structure 18 Literature 43 Miscellaneous 153 * * 13、PubMed PubMed（/）是NCBI维护的生物学、医学文献引用数据库，提供对MEDLINE、Pre-MEDLINE等文献数据库的引用查询和对大量网络科学类电子期刊的链接。 利用Entrez系统可以对PubMed进行方便的查询检索。 * * * * * * Ensembl提供多种查询方式 通过关键字查询 用BLAST进行相似序列的搜索 另一种更直观的方式是显示各染色体 用户可以在染色体水平上选择感兴趣的位点， 逐层放大 浏览整个基因组 * * * * 人的第9号染色体及大鼠对应的染色体片段 * * 4、表达序列标记数据库dbEST EST（Expressed Sequence Tags）方法已被证明是识别转录序列的最