大黄鱼高温适应的转录组学分析.PDFVIP

第42 卷 第 11 期 水 产 学 报 Vol. 42, No. 11 2018 年 11 月 JOURNAL OF FISHERIES OF CHINA Nov., 2018 文章编号: 1000-0615(2018)11-1673-11 DOI: 10.11964/jfc.20171111029 大黄鱼高温适应的转录组学分析 邓素贞， 韩兆方， 陈小明， 李庆昌， 肖世俊， 李佳凯， 刘贤德* (集美大学水产学院，农业部东海海水健康养殖重点实验室，福建 厦门 361021) 摘要：为了探究大黄鱼高温胁迫条件下基因表达水平的变化，实验利用Illumina Hiseq 2 500 的125 pair-ended测序模式分别对大黄鱼高温处理组和常温对照组进行了转录组测 序。对照组(3个生物学重复) 和高温处理组(3个生物学重复)分别获得15.28和13.92 Gb 测序数据，GC含量平均值约为51% 。过滤后的高质量测序reads使用Bowtie2 软件比对到 大黄鱼参考转录组序列上估计基因表达量，进而进行基因表达差异统计学检验。以常温 对照组为参比，高温处理组中阈值设为|log (FC)|2和FDR0.05 ，共检测到1 259条显著差 2 异表达基因。其中，821条基因为高表达，438条基因为低表达。随机选取12条差异表达 基因，运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行了验证，结果证实转录组分析可靠。进一 步将所有差异表达的基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，结果发现大量差异表 达基因的功能与氧化还原反应、蛋白质折叠和去折叠、糖和脂代谢以及某些疾病的发生 相关。该研究结果为下一步深入研究大黄鱼高温适应的调控机制提供了重要的参考材料。 关键词: 大黄鱼；转录组测序；差异表达基因；qRT-PCR 中图分类号: Q 785 ；S 965 文献标志码: A 大黄鱼(Larimichthys crocea)隶属鲈形目(Per- 育抗高温的养殖品种至关重要。 ciformes) 、石首鱼科(Sciaenidae) 、黄鱼属(Lar- 大黄鱼为暖温性鱼类，容易产生高温应 imichthys) ，为暖温性鱼类，对水温的适应范围为 激。肝脏是鱼类最大的消化腺，也是最重要的 [6] 10~32 °C，最适生长温度范围为18~25 °C，不同 代谢器官之一，物质代谢能力旺盛 ，在机体中 [ 1 ] 地理群体对温度的适应范围有所差异 。自 具有解毒、免疫防御和激素合成等作用。在热 1987年突破大黄鱼人工育苗以来，经过近30年的 应激过程中，肝脏对于机体减少或免受高温应 [7] 发展，已成为我国养殖量最大的海水鱼类，年