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利用SSR标记剖析木薯遗传多样性
利用SSR标记剖析木薯遗传多样性
摘 要 应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。结果表明:44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2~8个等位基因,平均Shannons信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57~0.99。聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。
关键词 木薯 ;SSR标记 ;遗传多样性 ;聚类分析
分类号 S533
Genetic Diversity of Cassava Germplasm Revealed by SSR Markers
WANG Ming XIAO Xinhui AN Feifei WAN Zhongqing
YING Dongshan WANG Qinfei ZHANG Rulian LI Kaimian YE Jianqiu
(Tropical Crops Genetic Resources Institute /
Ministry of Agriculture Key Laboratory for Germplasm Resources Conservation
and Utilization of Cassava / Ministry of Agriculture Key Laboratory of
Tropical Crops Germplasm Resources Utilization, CATAS, Danzhou, Hainan 571737)
Abstract Using simple sequence repeat (SSR) markers 195 domestic(foreign)varieties(lines) on the National Cassava Germplasm Resources Garden were analyzed for genetic diversity. The results showed that 44 pairs of primers amplified 186 alleles with 2-8 alleles amplified by each pair of primers. The average Shannon s information index was 1.01, and the average PIC is 0.49. The (GS) distributions on the genetic similarity coefficient of 195 varieties (lines) were 0.57~0.99. Cluster analysis results showed that 195 germplasms can be divided into 7 groups while the genetic distance was 0.71.
Keywords cassava ; SSR marker ; genetic diversity ; cluster analysis
木薯(Manihot esculenta Crantz)又称树薯,是世界三大薯类作物之一。19世纪20年代引入中国,原来作为粮食作物,具有高产、抗逆和块根淀粉含量高的特点。木薯已经被确认为中国“十一五”规划中能源发展战略重点发展的生物能源作物之一,是淀粉和酒精加工业的主要原料[1]。木薯是一种高度杂合的作物,这种杂合性带来了丰富的遗传变异性,为木薯育种提供了良好的选择机会[2]。木薯杂交育种主要是从2个优势亲本的杂种后代中选出理想的重组类型,需对大量的F1单株进行选育。因此,对木薯品种(系)的遗传多样性进行分析,可克服杂交时亲本的盲目组合,客观、全面地了解当前木薯育种的现状和种质基础,为杂交育种和定向育种提供支撑。
目前,分析木薯遗传多样性的分子标记主要有SRAP[3-4]、SSR[5-9]、AFLP[10]等方法。SSR分子标记具有重复性高、可靠性强且品种间多态性丰富等优点,并已广泛应用于玉米、水稻、大豆等作物的遗传图谱构建、遗传多样性分析和品种鉴定[11-13]。由于木薯为异花授粉植物,且基因型高度杂合,因此,使用具有共显性特点的SSR标记对其进行品种鉴定比其它作物具有明显优势。本研究对包括国内选育品种、地方品种、品系(育种中间材料)和引进国外品种(系)共195份木薯种质行遗传多样性分析。
1 材料与方法
1.1 材料
试验所用195份木薯材料均采集于
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