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川芎转录组密码子使用偏好性剖析 　　摘要：为了解川芎（Ligusticum chuanxiong Hort.）阿魏酸生物合成相关基因的密码子使用偏好性特点，为运用基因工程技术实现阿魏酸的异源生物合成提供理论依据，对川芎转录组中共50 108条Unigenes使用CodonW、Cusp和Chips进行在线分析。结果表明，总GC含量为41.4%，有效密码子占总数的16.17%，最优密码子偏好以A/U结尾，表明川芎转录组Unigenes密码子偏好程度整体水平不高。比较分析了川芎转录组中阿魏酸生物合成相关基因（PAL、C4H、C3H与COMT）与不同模式生物的稀有密码子，表明与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有4个，与酵母、烟草和拟南芥基因组差值较大的均有3个，这预示着川芎阿魏酸生物合成相关基因在酵母、烟草和拟南芥中的表达效率较高。 　　关键词：川芎（Ligusticum chuanxiong Hort.）；阿魏酸；生物合成相关基因；密码子偏好性分析 　　中图分类号：S567.23+9 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2017）18-3549-05 　　DOI：10.14088/ki.issn0439-8114.2017.18.040 　　Abstract： In order to understand the codon usage preference of genes involved in the biosynthesis of ferulic acid in Ligusticum chuanxiong Hort.，and thereby providing a theoretical basis for the application of genetic engineering technology to achieve heterologous biosynthesis of ferulic acid，50 108 unigenes of L. chuanxiong transcriptome were analyzed on-line using CodonW，Cusp and Chips at first. As a result，the total GC content was 41.4%，valid codons was 16.17% and the optimal codon preferred A/U as end. Furthermore，the rare codons of PAL，C4H，C3H and COMT were compared with those of candidate expressed hosts，including E. coli，yeast，tobacco and Arabidopsis thaliana. As a result，4 codons were found between E. coli and L. chuanxiong，and 3 codons were found among yeast，tobacco and Arabidopsis thaliana. It suggests high expressional ratio of PAL，C4H，C3H and COMT might take place in yeast，tobacco and Arabidopsis thaliana. 　　Key words： Ligusticum chuanxiong Hort.； ferulic acid； genes involved in biosynthesis； codon preference analysis 　　川芎为伞形科植物川芎（Ligusticum chuanxiong Hort.）的干燥根茎，为“血中之气药”，有活血行气、祛风止痛之功效[1]。根据《中国药典》规定，阿魏酸是川芎的主要指标成分，具有独特的药理作用和生物活性，且毒性较低，因而在医药、保健品、化妆品原料和食品添加剂等领域有极其广泛的应用前景[1]。目前，阿魏酸可通过提取、化学合成、水解及微生物培养等4种方法获得。提取法与化学合成法均需使用大量的化学溶剂，易污染环境；水解法需要首先提取获得阿魏酸酯，再利用水解制备阿魏酸，也会使用大量的化学溶剂，易造成环境污染；微生物培养法由于阿魏酸含量很低因而分离纯化成本高[2]。 　　植物体内阿魏酸的生物合成以苯丙氨酸为原料，经过苯丙氨酸解氨酶（PAL）、肉桂酸-4-羟基化酶（C4H）、香豆酸-3-O-羟基化酶（C3H）与咖啡酸-3-O-甲基转移酶（COMT）的有序催化，最后生成阿魏酸（Ferulic acid）