从头测序及其应用.ppt

* * 新一代测序技术的加入对全基因组测序的革命性贡献 澳大利亚等七国研究人员参与了火鸡基因组测序工作 所选取的火鸡为名叫“Nici”的雌性火鸡，不是一个纯合品系，基因组杂合度较高 * * 大熊猫基因组测序研究结果表明：大熊猫有染色体21对，基因组大小2.4Gb，鉴定了270万个SNP位点，表明大熊猫基因组仍然；在已经进行全基因组测序的物种中，大熊猫基因组与狗的基因组最接近 * * 将应用新一代测序技术进行从头基因组测序的策略讲清楚，主要内容为采用不同插入片段的双末端测序结合BAC技术等进行基因组从同测序，也要讲清楚，基因组中的重复序列，转座子等序列对从头测序的影响 * * 从基因组进化角度进一步佐证全基因组从头测序的策略，人类基因组95%序列沉默，基因组框架图OK RNA分子是最初出现的遗传物质，并具有生物活性功能，但因其结构特征无法形成稳定有序且数目庞大的基因组，最终遗传物质有RNA向DNA转化，DNA结构稳定，可极度延长而保存转录的序列，基因因此连锁形成基因组。经亿万年的进化，基因组以逆转录方式的原始增长机制终止，基因重复复制和趋异特征成为基因组增长的唯一方式。由于DNA结构的稳定性和保守型，基因组之间不能发生交流，因此形成物种的多样性。由于基因组的中基因的重复复制机制，随着进化，物种基因组逐渐变得庞大，然而形式功能的基因只占基因组的一小部分，也就是常染色质区域，因此基因组大部分序列处于沉默的状态。因此，研究一个物种的基因组，我们只需了解物种的大部分基因组序列，只需测得基因组框架图就OK。 * * * * 大量农业生物的测序因为前期工作的限制，主要停留在生物标记发现的阶段。而人类的测序工作起步早，后期启动的人类hapmap计划又在人群中验证了大量的SNP位点。使人类基因组重测序工作可以进行更多基因功能的研究。 * * A体细胞突变倾向于GC-AT；b，表达基因的突变率低于不表达基因的；c，体细胞基因启动子区的突变率最低。 * 基因图谱承载了一个人生命中从生到死的所有秘密。个体间0.1%的基因差异决定了我们的个人特征及遗传疾病的倾向性。所以,一是要穷尽基因,二是要精确测定。 犹他大学（University of utah），Complete Genomics公司，华盛顿大学等 对一对夫妻和他们的两个孩子进行了全基因组测序。这家的两个孩子都患有米勒综合征和原发性纤毛运动障碍，这两种疾病都是常染色体隐性遗传病 测序深度分别为父亲 88倍，母亲51 倍，儿子52 倍，女儿54 倍 Coach et al., Science (2010) 328 (597):636 – 639 应用全基因组测序技术在家系中分析遗传力 父母和子女的测序覆盖度分别达到91%、85%、92%和91% 与参考序列相比，96%序列至少在一个家系成员中被检测到，81%序列在家系四个成员中都检测到 应用全基因组测序技术在家系中分析遗传力 测序数据与NCBI参考基因组序列比较分析 测序数据统计 通过比较两代之间的基因组序列，科学家们对儿童基因组描绘出精确的重组图谱。这让他们校正了70%的测序错误，使测序准确率达99.999% 。使研究人员精确确定了重组位点和稀有的单核苷酸多态性。 在他们最终的分析中，只保留了四个候选基因的突变，包括已知在纤毛运动障碍中突变的基因以及导致米勒综合征的变异体 应用全基因组测序技术在家系中分析遗传力 重组图谱 SNP分析 这些结果暗示对任何简单的单基因遗传病，一个或两个家庭的全基因组测序就有可能鉴定出致病突变 研究人员还第一次估算出两代人之间的遗传突变率，即基因组从一代人到下一代人的遗传过程中会发生多大程度的改变，约为1.1×10-8。结果发现，从父母到孩子的基因变异率仅为之前医学界预期的一半。 应用全基因组测序技术在家系中分析遗传力 哈佛医学院计算遗传中心主任George Church提出 PGP目标是创建一个包含100,000人、公众可以公开访问的在线基因库，帮助科学家了解基因之间的联系和遗传特征 现已公布了1000人的基因组序列 个人基因组测序是个性化医疗保健的基础 个人基因组计划（PGP） / George Church 和他的研究团队 重测序意义 在个体或群体水平进行差异性分析 辅助分子育种，能够快速的进行种质资源普查筛选 遗传进化分析及重要性状候选基因预测 遗传疾病分析 主要报告内容 高通量测序简介 从头测序及其应用 重测序及其应用 转录组测序及其应用 Small RNA测序及其应用 RNA是遗传信息的载体 应用RNA-seq分析葡萄浆果发育过程中转录组 意大利维罗纳大学 Vitis vinifera（葡萄）浆果发育三个阶段中（开花后5周、10周和15周，即着果期、转色期和成熟期三种发育阶段中）的转录