第六章 系统发生分析-课件.ppt

算法如下： （1）初始化（与UPGMA一样） （2）循环 对于所有的分类单元i，计算ui = ?k?I (Dik/(n-2))； 选择一对分类单元i 和j ，使Dij-ui-uj最小； 将i和j归并为新的类 (ij)，在树中添加一个新的节点，代表新生成的分类，计算从i和j到新节点的分支长度； di,(ij） = 1/2Di,j +1/2(ui-uj), dj,(ij） = 1/2Di,j +1/2(uj-ui) 计算新类与其它类的距离； D(ij）,k = 1/2(Di,k + Dj,k - Di,j) 删除聚类i和j，添加新类 (ij)； 如果有两个以上的分类存在，则继续执行循环；否则用长度为Di,j的分支连接剩余的两个类 。 图6.7 利用邻近归并算法构造的系统发生树 图6.8 利用邻近归并算法构造的系统发生树 第三节 基于特征的系统发生树构建方法 一般问题： 给定n个物种 m个用以描述物种的特征 每个物种所对应的特征值 ?构建一棵系统发生树，使得某个目标函数最大。 输入一般为n×m的特征矩阵M 在构建系统发生树假设特征是相互独立的，即一个特征的变化不影响另一个特征。 另外，还假设在进化过程中，两个物种分叉后独立进化，互不影响。 1、最大简约法 目标：