合成生物学的关键技术及应用进展.PDF

中国医药生物技术 2012 年 10 月第 7 卷第 5 期 Chin Med Biotechnol, October 2012, Vol. 7, No. 5 357 DOI:10.3969/cmba.j.issn.1673-713X.2012.05.007 ·综述· 合成生物学的关键技术及应用进展 邢玉华，谭俊杰，李玉霞，凌焱，刘刚，陈惠鹏 20 世纪的生物学研究一直着眼于对生物系统的不断分 年报道成功设计合成了酿酒酵母的部分染色体，这是酿酒酵 解，解剖至细胞中单个蛋白或基因，研究其结构和功能来解 母基因组人工合成计划（SC2.0 Project ）取得的第一个成果， 释生命现象。但随着当代分子生物学技术的迅猛发展，以系 该项目的最终目标是人工合成构建酿酒酵母基因组。酵母基 统化设计和工程化构建为理念的合成生物学成为新一代生 因组人工合成将是合成生物学发展史上又一重要的里程碑。 物学的发展方向。合成生物学旨在对多种天然的或人工设计 DNA 合成是支撑合成生物学发展的核心技术，它不依 的生物学元件进行合理而系统的组合以获得重构的或非天 赖于 DNA 模板，可根据已知的 DNA 序列直接合成，在 然的“生物系统”，其涵盖的研究内容可以大体分为 3 个层 基因及生物元件的合成、基因回路和生物合成途径的重新设 次：一是利用已知功能的天然生物模体（motif ）或模块 计组装，以及全基因组的人工合成中发挥重大作用。由于化 （module ）构建成新型调控网络并表现出新功能；二是采用 学合成的 DNA 片段长度有限，要合成长的 DNA 片段需 从头合成（de novo synthesis ）的方法，人工合成基因组 DNA 要先合成短的寡核苷酸，然后再将寡核苷酸进行拼接。因此， 并重构生命体；第三个层次则是在前两个研究领域得到充分 基因组合成的基本思路为：①按照原始基因组序列设计合成 发展之后，创建完整的全新生物系统乃至人工生命体 寡核苷酸；②利用各种方法将寡核苷酸拼接成较长的 DNA （artificial life ）。合成生物学强调利用工程化的设计理念， 序列；③以较长的序列为基础，进一步拼接得到更长的 实现从元件到模块再到系统的“自下而上”设计。利用生物 DNA 序列，拼接成完整的基因组；④将合成的基因组移植 系统最底层的 DNA 、RNA 、蛋白质等作为设计的元件，利 到细胞中，并验证其功能。 用转录调控、代谢调控等生物功能将这些底层元件关联起来 1.1 寡核苷酸的合成 形成生物模块，再将这些模块连接成系统，实现所需的功能。 目前寡核苷酸一般采用固相亚磷酰胺三酯法合成。寡核 这是一门涉及微生物学、分子生物学、系统生物学、遗传工 苷酸的长度是一个重要的参数，随着长度的延长，产率下降， 程、材料科学以及计算科学等多个领域的综合性交叉学科。 纯度也降低，积累的合成错误大大增加。较短的寡核苷酸会 它有别于传统的基因工程，其目的在于组装各种生命元件来 有较少的错误，但是需要增加组装所需的重叠序列，使合成 建立人工生物体系，让它们能像电路一样在生物体内运行， 成本增加。使用 60-mer 的寡核苷酸，可以最大程度地降低 [5] 使生物体能按预想的方式完成各种生物学功能。合成生物学 错配率和生产成本 。 的最高境界是灵活设计和改造生命，重塑生命体。 1.2 由寡核苷酸拼接成较长的 DNA 片段 本文就目前合成生物学采用的关键技术和研究应用进 寡核苷酸可以通过各种方法拼接成几百 bp 到几千 bp 展两方面进行综述。 的