《实习2-真核生物基因结构的预测分析费下载》课件.pptVIP

* 密码子使用频率 CodonW结果界面 课堂练习 使用CodonW分析基因的密码子使用偏好， 了解密码子偏好分析中各指数的含义。 * * 内含子/外显子剪接位点识别 如何分析核酸序列中的外显子组成？ 通过对特征序列(GT-AG)的分析进行直接的预测基因预测软件（NetGene2） 与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置（Spidey） * * 剪接位点识别：NetGene2 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ 提交序列 选择物种 * NetGene2输出结果 供体位点 受体位点 可信度 相位 * mRNA剪接位点识别：Spidey NCBI开发的在线匹配程序 用于mRNA序列同基因组序列比对分析 /spidey * Spidey同源序列的获得:序列比对 通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。 BLAST比对到的三条mRNA序列 * 输入基因组序列或序列数据库号 输入相似性序列 判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数 不受默认内含子长度限制。默认长度：内部内含子为35kb, 末端内含子为100kb 比对阈值 选择物种 输出格式选择 * Spidey输出结果 第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子 外显子对应于 基因组上的 起始/结束位置 外显子对应于 mRNA/cDNA上的