微生物群落研究—组间差异分析.pdf

微生物群落研究 —组间差异分析 Omicshare第31期课堂 1 群落组间差异分析 O T 16S测序 U 组间比较 及 物 16S测序 种 信 息 • 样本间α多样性比较 • PCoA、UPGMA等聚类分析 • Anosim、Adonis 2 寻找Biomarker Biomarker ！——根据丰度信息，找出不同组分之 间的差异因素（物种、功能），继而确定其生物学 相关性 3 分析工具 • 目的： 找出潜在有生物学意义的物种、基因、通路或者 代谢物，从而发现引起群落差异的主要因素 • 工具： 手写 +计算器、Excel 代码类：例如R ，Python 专业分析软件：Metastats、LEfSe、STAMP 4 分析软件 LEfSe 5 专业分析工具 •兼容性广：文件能兼容mothur ，qiime等主流 分析软件 •分析流程严密：考虑多重样本影响因素，有多种 分析方法选择 •操作简单：输入相关文件，基本一键操作 • 功能广泛：一般兼具分析与画图功能，分析结果 多样化 • 基本配置在线与本地版本 6 Metastats 在线版本：/detection.html 7 Metastats分析 应用范围： • 转录组、16S、宏基因组等 • 只能两组样本之间比较（非参数T检验、卡方检 验） •分析可以没有生物学重复 作用 •差异物种分析 备注： •差异功能分析 数据不一定符合正态分布，参数检验不适合 8 分析原理 数据处理 矩阵输入（需分组信息 ） • 每个样本中物种的相 对丰度 • 每条通路上mapping 的reads数 • COG基因丰度 数据处理 • 数据归一化成为相 对丰度 9 数据处理 • 组间T-test计算 组内均值与方差计算 组间差异t统计 注：若组内没有重复，则平均值为A1 ，方差为（1-A1 ）A1/n-1 A1是某subject的相对丰度