基于DNA分子标记数据构建系统进化树的新策略.docVIP

基于DNA分子标记数据构建系统进化树的新策略 1 ,3 2 1 1 3 李亚玲,韩国民,何沙娥,张智俊(1 . 浙江林学院浙江省现代森林培育技术重点实验室 ,杭州 311300 ; )2 . 南京大学生命科学学院 ,南京 210092 ;3 . 浙江林学院农业与食品科学学院 ,杭州 311300 摘要 :结合 DPS 软件和 MEGA 软件优点 ,进行 DNA 分子标记数据处理和系统发育树构建的新策略 :首先使用 DPS 软件进行 0 ,1 数据系统聚类方法获得遗传距离矩阵 ,然后将此矩阵输入 MEGA3 ,利用 NJ 或者 UPGMA 进行系统进化树的构建和树的优化 。 该方法操作简单 ,得到的树形美观 。 关键词 :DPS ; MEGA ; DNA 分子标记 ; 进化树构建 () 文章编号 :1672 - 5565 2008- 04 - 168 - 04 中图分类号 :Q522 + . 6 文献标识码 :A A ne w strategy f or construction of Phylogenetic tree ba sed on D NA molecular mark data 1 ,3 2 1 1 3L I Ya - ling, HAN Guo - min, HE Sha - er,ZHANG Zhi - jun ( 1 . Key lab f or modern silviculture technology of ZheJiang province , ZheJiang Forestry College , Hangzhou 311300 , China ; ) 2. College of Life Science , NanJing University , NanJing 210092 , China ; 3. School of Agriculture and f ood science , Zhejiang Forestry college , Hangzhou 311300 , ChinaAbstract :A new strategy was used for construction of Phylogenetic tree based on DNA molecular mark data by combined DPS statistic software and MEGA software . Firstly , computed phylogenetic distance matrix in DPS software from 0 ,1 data , and then imported the matrix into MEGA. Finally , phylogenetic tree was constructed by NJΠUPGMA methord. Key Words :DPS software ;MEGA ;DNA molecular marker ; Phylogenetic tree construction. 随 着 分 子 标 记 技 术 的 发 展 和 应 用 , 针 对 诸 如 RAPD 、 1 数据与方法 AFLP、SSR 、ISSR 等标记技术的电泳结果 ,往往需要对其电泳 谱带所对应的大量“0 ,1”二元数据进行聚类分析 ,然后作出 1. 1 软件的获得及安装 进化树图 ,才能最终获得物种遗传多样性和亲缘关系的分析 1 结果。目前 ,对于这些二元分子标记数据的处理 ,常见的 2 - 5 MEGA3 下 载 地 址 : http :ΠΠwww. megasoftware . netΠmega . ht2 处理软件有 : PAUP、NTSYS、POPGEN32 、RAPDistance 等 ,尽 ml ,填写一个表单文件即可免费下载 。DPS 统计软件下载地 管这些软件也能对数据进行处理并获得最终结果 ,但是以上 址 : http :ΠΠwww. chinadps. netΠdownload. htm。点 击 INSTALL 文 ) 软件在实际操作中经常会碰见以下几个问题 :1对于前期的 件 ,按照默认设置即可完成程序的安装 。 数据录入格式有一定的特殊要求 ,数据输入一旦格式不对则 ) 不能计算分析 ;2软件均为英文界面 ,操作复杂不容易上手 ; 1. 2 0 ,1 二元数据的输入 ( ) 将各种分子标记 RAPD 、SSR 、ISSR 、AFLP 等的电泳谱带 ) ) 3处理样本数据量有限制 ;4构建的进化树图不美观或不能 转换成 二 元 数 据 , 即 1 代 表 有 带 , 0 代 表 无 带 , 输 入 EXCEL 调整修