KRAS和EFR检测与临床应用.pptVIP

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2018-12-08 发布于浙江
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KRAS和EFR检测与临床应用.ppt

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KRAS和EFR检测与临床应用

三引物设计 ATGACTGAATATAAACTTGTGGTAGTTGGAGCTGGTGGCGTAGGCAAGAGTGCCTTGACGATACAGCTAATTCAGAATCATTTTGTGGACGAATATGATCCAACAATAGAGGATTCCTACAGGAAGCAAGTAGTAATTGATGGAGAAACCTGTCTCTTGGATATTCTCGACACAGCAGGTCAAGAG 野生型引物（F） 5’-CTTGTGGTAGTTGGAGCTG-3’ 19nt，51℃ 突变型引物（F） 5’-CTTGTGGTAGTTGGAGCTA-3’ 19nt，49℃ 下游引物（R） 5’-CCTCTATTGTTGGATCATATTCGTC-3’ 25nt，54℃ 三引物设计—下游引物设计 ATGACTGAATATAAACTTGTGGTAGTTGGAGCTGGTGGCGTAGGCAAGAGTGCCTTGACGATACAGCTAATTCAGAATCATTTTGTGGACGAATATGATCCAACAATAGAGGATTCCTACAGGAAGCAAGTAGTAATTGATGGAGAAACCTGTCTCTTGGATATTCTCGACACAGCAGGTCAAGAG 选择序列： 5’-GACGAATATGATCCAACAATAGAGG-3’ 互补链： 3’- CTGCTTATACTAGGTTGTTATCTCC-5’ 下游引物： 5’- CCTCTATTGTTGGATCATATTCGTC -3’ 3’端增加错配如果3’端是弱错配（C/A或G/T）则需要引入强的错配（A/G或C/T）才可阻断3’端的扩增；如果3’端是强错配（A/G或C/T）则需要引入弱的错配（C/A或G/T）或不需引入错配即可阻断3’端的扩增；当3’端是中度错配（A/A，C/C，G/G 或T/T）则需要引入中度的错配。野生型引物（F） 5’-CTTGTGGTAGTTGGAGCTG-3’ 突变型引物（F） 5’-CTTGTGGTAGTTGGAGCCT-3’ 下游引物（R） 5’-CCTCTATTGTTGGATCATATTCGTC-3’ 四引物设计四引物设计 ATGACTGAATATAAACTTGTGGTAGTTGGAGCTGGTGGCGTAGGCAAGAGTGCCTTGACGATACAGCTAATTCAGAATCATTTTGTGGACGAATATGATCCAACAATAGAGGATTCCTACAGGAAGCAAGTAGTAATTGATGGAGAAACCTGTCTCTTGGATATTCTCGACACAGCAGGTCAAGAG 内引物（F） 5’-CTTGTGGTAGTTGGAGCTA-3’ 内引物（R） 5’-ACTCTTGCCTACGCCACC-3’ 外引物（F） 5’-ATGACTGAATATAAACT-3’ 外引物（R） 5’-CTCTTGACCTGCTGTGTCG-3’ KRAS试剂盒开发简介 KRAS突变探针和引物设计 KRAS序列： ATGACTGAATATAAACTTGTGGTAGTTGGAGCTGGTGGCGTAGGCAAGAGTGCCTTGACGATACAGCTAATTCAGAATCATTTTGTGGACGAATATGATCCAACAATAGAGGATTCCTACAGGAAGCAAGTAGTAATTGATGGAGAAACCTGTCTCTTGGATATTCTCGACACAGCAGGTCAAGAG 1. 5’-CTT GTG GTA GTT GGA GCT TA-3’ 12GGT — GAT 2. 5’- AAA CTT GTG GTA GTT GGA GCG GT-3’ 12GGT — GTT 3. 5’- AA CTT GTG GTA GTT GGA GCT GC-3’ 12GGT — GCT 4. 5’- ATAAA CTT GTG GTA GTT GGA GCT A-3’ 12GGT — AGT 5. 5’- AA CTT GTG GTA GTT GGA GCG T-3’ 12GGT — TGT 6. 5’- ATAAA CTT GTG GTA GTT GGA GCC C-3’ 12GGT — CGT 7. 5’- GTG GTA GTT GGA GCT GGT AA-3’ 13GGC — GAC 8. 参照引物：5’-CT GAA TAT AAA CTT GTG GTA GTT-3’