课件：基因定位与克隆.ppt

1of 5 Human cx31 compare to other GJB protein GJB3(connexin 31) was mapped to 1p33-35 by FISH 定位在1p33--p35的疾病有常染色体显性遗传的感觉神经性耳聋（DFNA2）、CMT2A型的腓骨肌萎缩症、变异性红皮病和眼睑下垂。我们在中国遗传病家系收集数据库收集的神经性耳聋和腓骨肌萎缩症的病人中检测突变，在两个高频听力减退的浙江家系和湖南家系中分别发现错义和无义突 变的杂合子，并选择了非相关的150名个体进行检测，未检测到错义和无义突变。 同胞对连锁分析 2.血缘一致性（IBD）等位基因共享： 两个个体在一个STR标记位点显示出相同数目的重复次数，而且遗传自同一祖先 1.状态一致性（IBS）等位基因共享： 两个个体在一个STR标记位点显示出相同数目的重复次数 a b a c a c a c a c b c a c a a a b a a IBD IBS 2 1 0 1 0 0 如果两个血缘相关个体表型类似，那么与此性状相关的基因附近的遗传标记也应当类似，类似程度受多个因素的影响: 1.该位点对研究性状总的贡献多大 2.影响到该性状的未知基因与待检测遗传标记的遗传距离 关联研究 关联指两个或多个事件之间具有统计学依赖性 等位基因关联： 等位基因频率随疾病性状显著增高或降低 连锁不平衡： 紧密连锁而产生的等位基因关联 当特定标记等位基因与疾病易感基因距离很近，经过多代仍然共同传递，则人群中受累的无血缘关系的个体可能享有共同的等位基因。 关联研究常见类型 1.病例—对照研究： 收集一组患者以及一组匹配的对照，比较侯选位点等位基因频率是否存在显著性差异 病例对照研究不需要确认家庭单位，容易收集研究对象，但是其缺点是疾病和位点间的等位基因关联可能因为人群混合产生，而不是由于遗传标记和染色体上导致性状的突变位点接近,因此选择对照就很必要 APOE-4 病例A(T) 对照A(T) 合计 APOE-4 240(180) 60(120) 300 非 APOE-4 360(420) 340(280) 700 合计 600 400 1000 APOE-4 A为实际观察值 T为理论期望值 2.传递不平衡检测（TDT）： 应用家系内对照比较传递与未传递给受累子代的等位基因频率有无差异 TDT有效利用未传递的等位基因作为对照,对照和疾病基因由同一个体提供，分层就被降低或者消除了 TDT应用前提及特点 前提：杂合子父母在研究位点有一个关联的等位基因和非关联的等位基因，关联的等位基因以非随机的高概率传递给受累的子代 特点： 1.仅仅需要“父母—子”三联体，家系 容易收集 2.比受累同胞对检验连锁的效能要强 3.对人群分层不敏感 4.不存在关联的前提下，无法检测连锁 子女 父母 CC CT TT CCХCT 1 7 CTХCT 1 3 2 CTХTT 6 1 LINKAGE MERLIN GENEHUNTER HAPLOVIEW SIMWALK2 我们的研究思路 孤独症样本 染色体研究 CNV分析 大规模GWAS Candidate Genes 患者M8560染色体3的CNV,影响CNTN4基因 Please visit our website for more information. * * Polymorphism 多态性 的概念 * * * * * 家系分析法（Lods） 在家系中，重组率是进行连锁分析的基础 L(Θ)= Θr(1-Θ)n-r=Θ1(1-Θ)4 Lods=lg【(0.2*0.84)/0.55】=0.4185 Lods=0.1249 L(Θ)= Θr(1-Θ)n-r=Θ1(1-Θ)4/2+Θ4(1-Θ) /2 Lod score结果判定： Lod3肯定连锁，Lod-2否定连锁， -2Lod1则还需增加样本资料。 2010年在国内最早应用外显子组测序技术克隆了一个新的共济失调致病基因TGM6 角膜环状皮样瘤是一种先天性角膜良性肿瘤，呈常染色体显性遗传，以双侧眼球角膜缘处环形淡黄色肿块为特征，可延伸到结膜，患者可出现视力的改变如弱视、斜视和散光。 皮样瘤由外胚层包括角化的上皮、毛发、皮脂腺和中胚层包括纤维组织、脂肪组织、血管组成 DNA抽提 利用STR引物多重 PCR Genotype 基因分型 Linkage 连锁分析 侯选基因，突变检测 定位基因 使用PE公司一套覆盖基因组22条常染色体、高杂合度的微卫星位点引物，一共382