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生物信息学专题 隐马尔科夫模型(HMM) 隐马尔科夫模型(HMM) 及其在生物信息学中的应用 及其在生物信息学中的应用 主讲:戴培山 主讲:戴培山 中南大学信息物理工程学院 中南大学信息物理工程学院 生物医学工程研究所 生物医学工程研究所 内容提要 内容提要 1. HMM的概述与应用 1. HMM的概述与应用 2. HMM的定义及三个基本问题 2. HMM的定义及三个基本问题 3. 三个基本问题的求解算法 3. 三个基本问题的求解算法 4. 应用中注意的一些问题 4. 应用中注意的一些问题 5. 课外文献阅读及练习题 5. 课外文献阅读及练习题 HMM的概述与应用 HMM的概述与应用 HMM模型是一项发展多年的建模技术, 它曾 HMM模型是一项发展多年的建模技术, 它曾 经在语音识别、光字符识别(OCR)等领域得 经在语音识别、光字符识别(OCR)等领域得 到过最成功的应用。 到过最成功的应用。 上世纪八九十年代,HMM开始应用于生物信 上世纪八九十年代,HMM开始应用于生物信 息学, 对于研究蛋白质家族同源性, 揭示进化 息学, 对于研究蛋白质家族同源性, 揭示进化 保守性发挥了重要作用。 保守性发挥了重要作用。 在生物信息学中的主要应用 在生物信息学中的主要应用 • DNA的编码区 非编码区建模 / • DNA的编码区/非编码区建模 • 进化发育分析 • 进化发育分析 • 蛋白质结构预测研究 • 蛋白质结构预测研究 马尔科夫及隐马尔科夫模型 马尔科夫及隐马尔科夫模型 1870年,俄国有机化学家 1870年,俄国有机化学家 Vladimir V. Markovnikov Vladimir V. Markovnikov 首次提出马尔科夫模型 首次提出马尔科夫模型 马尔科夫模型 马尔科夫模型 马尔科夫链 马尔科夫链 隐马尔科夫模型 隐马尔科夫模型 Vladimir V. Markovnikov Vladimir V. Markovnikov 例子: 赌场的欺诈 例子: 赌场的欺诈 某赌场在掷骰子根据点数决定胜负时, 暗中采取 某赌场在掷骰子根据点数决定胜负时, 暗中采取 了如下作弊手段 了如下作弊手段 在连续多次掷骰子的过程中, 通常使用公平骰子 在连续多次掷骰子的过程中, 通常使用公平骰子 A, 偶而混入一个灌铅骰子B A, 偶而混入一个灌铅骰子B 0.8 0.9 A B 0.2 0.1 赌场的欺诈(续) 赌场的欺诈(续) 公平骰子A与灌铅骰子B的区别 公平骰子A与灌铅骰子B的区别

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