白羊草转录组和差异性表达分析.PDFVIP

中国农学通报 2018,34(35): 111-119 Chinese Agricultural Science Bulletin 白羊草转录组和差异性表达分析 1 1 1 1 1 1 1 1 方志红 ，石永红 ，吴欣明 ，任彬琳 ，张 燕 ，贾会丽 ，郭 璞 ，池惠武 ， 1 1 2 1 李莲芬 ，王运琦 ，董宽虎 ，刘建宁 1 2 （山西省农业科学院畜牧兽医研究所，太原030000 ；山西农业大学动物科技学院，山西太谷030801） 摘 要：为了获得白羊草(Bothriochloaischaemum) 转录组数据库和差异表达基因，通过Illumina HiSeq 4000 高通量测序技术对白羊草对照组和干旱胁迫组进行转录组测序。经组装分析共获得118580 条 Unigenes ；将所得到的Unigenes 与基因库数据进行比较，对Unigenes 进行功能注释，共50070 条Unigenes 获得功能注释。白羊草转录组中的Unigenes 根据GO 功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过 程三大类共54 个分支。通过将所有Unigenes 与KOG 数据库比对，共有1586条Unigenes 可归为25 类。 以KEGG 数据库作为参考，依据代谢途径可将Unigene 定位到116 个代谢途径分支。通过差异性分析发 现，差异性表达基因共3987 条，其中上调基因占39.45% ，下调基因占60.55% 。本研究为白羊草分子生 物学研究提供了宝贵的基因组数据库资源。 关键词：白羊草；转录组；RNA 测序；表达分析；差异性表达基因；代谢通路 中图分类号：S81-05 文献标志码：A 论文编号：cas AnalysisofTransicriptomesandDifferentialExpressioninBothriochloaischaemum 1 1 1 1 1 1 FangZhihong,ShiYonghong,WuXinming,RenBinlin,ZhangYan,JiaHuili, 1 1 1 1 2 1 GuoPu,ChiHuiwu,LiLianfen,WangYunqi,DongKuanhu,LiuJianning (AnimalHusbandryandVeterinaryInstitute,ShanxiAcademyofAgriculturalSciences,Taiyuan030000;1 2CollegeofAnimalScienceandTechnology,ShanxiAgriculturalUniversity,TaiguShanxi030801) Abstract: Inordertoobtainthetranscriptomedatabaseanddifferentiallyexpressedgenesof Bothriochloa ischaemum, transcriptome sequencing of the control group and drought stress group was pe