基于opencl平台的dna序列并行比对算法的研究-计算机应用技术专业论文.docxVIP

分类号U 分类号 U D C． ．． ．．．．．．．． ．． 密级 ．公 五 ． 舅毋庐夕擎 硕士研究生学位论文 基于OpenCL平台的DNA序列 并行比对算法的研究 申请人： 李聪 学 号： 2090958 培养单位： 计算机科学技术学院 学科专业： 计算机应用技术 研究方向： 并行计算 指导教师： 郭龙江教授 完成日期： 2015年3月26日 万方数据 中文摘要中文摘要 中文摘要 中文摘要 信息时代已经来临，当前计算机环境更加复杂多样，所以我们需要将计算机 的硬件潜能(如CPU、GPU、PSP)更充分地发挥出来。在计算科学中，存在的异 构体系就恰好可以成为我们计算、分析各项研究任务的最优选择方式。传统的c 或C++的编译目标一般都是CPU；NVIDIA的CUDA也只能针对NVIDIA的GPU 而非CPU。搭建OpenCL平台就可以在混合架构的设备(hybrid device)上，调用 GPU实现在异构环境下的并行加速算法。当前，并行比对算法也被应用在生物信 息学领域，DNA序列比对是生物信息学最基本的研究内容，基于OpenCL平台的 并行加速算法将会为DNA序列比对提供新的研究途径。因此，本文结合OpenCL 的并行特点，重点对DNA序列比对算法进行相关研究。主要研究成果有： 首先，本文介绍了OpenCL基础以及DNA序列比对的相关知识，分析了 OpenCL在异构体系上的