分子模拟在化工中应用.pptVIP

第一篇 分子模拟在化工中的应用 ——《计算机化工中的应用基础》 一、前沿 20世纪80年代以来， 随着计算机性能的提高以及各种计算化学方法的改进，分子模拟技术日渐成熟，并逐步发展成为人们进行科学研究的一项新的有效的工具。它借助计算机强大的计算能力和图像显示能力，从原子和分子水平上模拟分子的结构与行为， 能够更好地帮助人们从微观角度认识物质的基本特征。 分子模拟技术包括量子力学、分子力学、蒙特卡洛和分子动力学等方法。 量子力学 简称 QM， 认为微观粒子运动服从Schrd inger 方程 ，分子或原子处于 稳 定态的Schrd inger方程为本征值的方程: HΨ = EΨ 。式中: H表示 Hamilton 算符； Ψ表示本征函数 ，即描述体系状态的波函数；E表示相应的本征值 。 原则上量子力学的计算结果可以从本质上阐明分子的构象以及分子间的相互作用。但是用它进行结构优化时，往往只是局部优化，得到的优化结构与起始构象有关，如果对起始构象考虑不够，往往不能达到能量的最低点。 分子力学 简称 MM，分子力学的基本思想是用经典牛顿力学寻找分子平衡构型和能量。分子力学的关键是如何准确表达分子力场这一核心概念。分子力场是原子尺度上的一种势能场，它的基本理论就是分子力场由分子内相互作用和分子间相互作用两大部分构成，分别对应于键伸缩、键角弯曲、扭转运动、耦合相互作用以及van der Waals相互作用和静电相互作用等。 分子力学计算的优点是概念简单、计算速度快，可以处理较大的体系，对处理分子构象、分子热力学性质等的计算已取得了成功，但分子力学不能提供和电子分布相关的性质。 蒙特卡洛法 简称MC 的基本模拟过程是在一定系综条件下，将系统内粒子进行随机的位移、转动，或粒子在两相间转移位置。根据给定的分子位能函数，进行粒子间内能的加和，采用 Metropolis 取样方法，生成一系列体系的微观粒子随机构型，从而逐渐趋近于平衡时的Boltzmann 分布。 它的优点是取样的构型比较恰当，对于低能量的构象取样概率大，能比较简单地解决多维或因素复杂的问题。但由于MC模拟的粒子位移是虚拟的，不代表粒子的真正运动历程，所以该法不能用于传递性质的模拟。 分子动力学方法 简称 MD，分子动力学方法的基本模拟过程是在一定系综及已知分子位能函数条件下，从计算分子间作用力着手，求解牛顿运动方程，得到体系中各分子微观状态随时间真正的变化，再将粒子的位置和动量组成的微观状态对时间平均，即可求出体系的压力、能量、粘度等宏观性质以及组成粒子的空间分布等微观结构。 分子动力学方法的优点在于它能跨过较大的能垒，在温度 T时，每一个自由度可以跨越 kT 的能垒（温度越高 ,跨越的能垒越高）。因此可以通过升温搜索更大的构象空间，尽可能真正找到最低能量构象。分子动分子动力学方法的缺点是不适用于分子过大的体系，即使是很小的能垒，跨越的时间也要超过模拟时间，得不到真实的结果。 分子模拟技术在医药和材料方面有着广泛的应用。它不仅可以模拟分子的静态结构，还可以模拟分子的动态行为(如氢键的缔合与解缔、吸附、扩散等) :借助分子模拟技术，研究人员可以模拟实验方法还无法考察的现象与过程，从而发展新的理论；研究化学反应的路径、过渡态、反应机理等十分关键的问题；代替以往的化学合成、结构分析、物性检测等实验而进行新材料的设计，可以缩短新材料研制的周期，降低开发成本；还可以模拟分子体系的各种光谱(如晶体及非晶体的X 射线衍射图、低能电子衍射谱等) ，使我们能够更合理地解释实验结果，进行产品的结构解析。 分子模拟技术也渗透到油田化学、催化剂研制、高分子设计、化学工程及重油特征化等领域。 分子模拟技术有着越来越广泛的应用，许多化工公司和科研院所都已经开始大量运用分子模拟技术来开展研发工作。 Materials Studio界面 三维模型文档 文本文档 文本文档，用Text Viewer显示的靛蓝粉末衍射指标结果。 图形文档 图形文档，Chart Viewer显示的靛蓝粉末衍射数据。 表格文档 表格文档，Grid Viewer显示的靛蓝的粉末索引数据。 Modules菜单 Modules菜单提供使用你安装了的Materials Studio模块的方法。 注意：此菜单随着已经安装了的模块的不同而不同。 模块菜单 Amorphous Cell：提供Amorphous Cell模块中的工具，可以建立复杂无定型系统中的代表性模型并预测它们的性质。 CASTEP：提供 CASTEP 模块中的工具，可以进行第一原理量子力学计算，研究如半导体、陶瓷、金属、矿物和浮石等晶体或表面的性质。 Dmol3:提供 Dmol3 模块中的工具，可以进行基于泛函密度理论的量子力学计算