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生物信息学 第六章 分子进化与系统发育分析 生物学家：We have a dream… 1. Tree of Life: 重建所有生物的进化历史并以系统树的形式加以描述 梦想走进现实：How? 1. 最理想的方法：化石！—— 然而…零散、不完整 第三种方案：分子进化 1. 1964年，Linus Pauling提出分子进化理论； 2. DNA RNA: 4种碱基；蛋白质分子：20种氨基酸； 3. 发生在分子层面的进化过程：DNA, RNA和蛋白质分子； 4. 基本假设：核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息； 分子进化的模式 1. DNA突变的模式：替代，插入，缺失，倒位； 2. 核苷酸替代：转换 (Transition) 颠换 (Transversion); 3. 基因复制：多基因家族的产生以及伪基因的产生； A. 单个基因复制 – 重组或者逆转录； B. 染色体片断复制； C. 基因组复制； (1) DNA突变的模式 (2) 核苷酸替代：转换 颠换 1. 转换：嘌呤被嘌呤替代，或者嘧啶被嘧啶替代； 2. 颠换：嘌呤被嘧啶替代，或者嘧啶被嘌呤替代； 基因复制：单个基因复制 基因复制：染色体片段复制 基因复制：基因组复制 分子进化研究的目的 1. 从物种的一些分子特性出发，构建系统发育树，进而了解物种之间的生物系统发生的关系 —— tree of life; 物种分