差异共表达dcgl分析上海丰目核信息科技有限公司.docxVIP

________________________________________________________________________ 上海丰核 HYPERLINK / SCI论文发表，基金申请，实验外包 4000-331-887 差异共表达分析DCGL宣传画册 目前，对基因的表达数据分析方法众多，常规的如差异表达基因对比、聚类等，但越来越多的研究认为只是寻找在不同条件下表达量有显著差异的基因并不能准确地反映出基因间的共同作用关系，而找出一组在不同状态下基因间表达谱有相同性质、共同协作的基因群更能核心的反映出不同条件下基因间的相互作用关系，即差异共表达基因。 分析差异共表达基因的工具也各有千秋，我运用了R语言中分析差异共表达网络的数据包DCGL进行差异共表达分析。通过对疾病芯片数据的预处理及综合整理，利用R软件的DCGL包对数据进行计算，得到差异共表达基因（DCGs）和差异共表达关系（DCLs）数据（图2）。然后，我们对这些数据分别进行生物信息学分析。 主要的分析方法有：差异共表达基因的功能富集分析（图1）、差异共表达关系与已知转录调控关系的overlap分析（表1）、构建差异共表达调控网络分析及疾病重要潜在基因的分析（图3）等等。 本流程中涉及的软件或者工具有：R软件、Perl、DAVID工具、cytoscape软件等；涉及的数据库有：NCBI