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蛋白质理化性质分析 富含Ser ,Thr可能构成酶的活性中心 * * ATP8 蛋白质 Expasy 核酸 Blast Primer-BLAST Blastx Blastp Blastn 理化性质 跨膜分析 二级结构 三级结构 DNA Protein BCM Search Launcher /BLAST/ 工具 网站 备注 AACompldent /tools/aacomp/ 利用未知蛋白质的氨基酸组成确认具有相同组成的已知蛋白 Compute pI/Mw /tools/pi_tool.html 计算蛋白质序列的等电点和分子量 ProtParam /tools/protparam.html 对氨基酸序列多个物理和化学参数（分子量、等电点、吸光系数等）进行计算 PeptideMass /tools/peptide-mass.html 计算相应肽段的pI和分子量 SAPS http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html 利用蛋白质序列统计分析方法给出待测蛋白的物理化学信息 蛋白质理化性质分析工具 /tools/protparam.html Number of amino acids: 66 Molecular weight: 7809.3 Theoretical pI: 9.60 Amino acid composition: Ala (A) 1 1.5% Arg (R) 0 0.0% Asn (N) 2 3.0% Asp (D) 1 1.5% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 3 4.5% Glu (E) 2 3.0% Gly (G) 0 0.0% His (H) 3 4.5% Ile (I) 5 7.6% Leu (L) 10 15.2% Lys (K) 6 9.1% Met (M) 4 6.1% Phe (F) 4 6.1% Pro (P) 8 12.1% Ser (S) 5 7.6% Thr (T) 8 12.1% Trp (W) 3 4.5% Tyr (Y) 1 1.5% Val (V) 0 0.0% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% 常用蛋白质跨膜区域分析工具 工具 网站 备注 DAS http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/ 用Dense Alignment Surface（DAS）算法来预测无同源家族的蛋白跨膜区 HMMTOP http://www.enzim.hu/hmmtop/ 由Enzymology研究所开发的蛋白质跨膜区和拓扑结构预测程序 SOSUI http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/ 由Nagoya大学开发一个具有图形显示跨膜区的程序 TMAP http://bioinfo.limbo.ifm.liu.se/tmap/ 基于多序列比对来预测跨膜区的程序 TMHMM http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0 基于HMM方法的蛋白质跨膜区预测工具 TMpred /software/TMPRED_form.html 基于对TMbase数据库的统计分析来预测蛋白质跨膜区和跨膜方向 TopPred http://bioweb.pasteur.fr/seqana