实用生物信息技术期中考试(一班).doc

PAGE PAGE 1 实用生物信息技术期中考试（一班） 农科院研究生院 2007年 姓名_________________ 座位号CAAS07F1______________ 得分______________ 1. 写出实现以下操作的UNIX命令： （20分） 在当前目录下创建子目录sbp 进入子目录sbp 将spl01.fas的序列文件复制到当前目录下seq子目录中 删除子目录out下名为out1的文件 比较当前目录下文件seq1和seq2的差异 显示当前目录下文件HBA_HUMAN.SW后10行内容 将当前目录下文件7HBA.fasta设置为只读 删除子目录tmp下所有子目录和文件，保留子目录tmp 将当前目录下文件sbp.lis按字母表顺序逐行排序并保存到15atsbp.lis中 统计当前目录下所有文件数和子目录数 2. 举例说明以下EMBOSS命令用途： （20分） seqret hba_human.sw hba_human.fas coderet af164138.gb seealso dottup plotorf ppf1.fas pepwheel ceam5_human.fas –sbegin 678 –send 695 tmap ppf1.fas dotmatcher slit-drome.fas slit-drome.fas –windowsize 25 –threshold 25 freak gene1.fas –plot –send 1000 –wind 999 helixturnhelix laci_ecoli.fasta etandem ehh7tetrc.fas –min 6 –max 14 3. 从拟南芥转录因子数据库网站DATF（ HYPERLINK / /）下载SBP家族转录因子SPL3（AT2G33810.1）和SPL4（AT1G53160.1）序列。对两种转录因子蛋白质序列进行相似性比对，将结果填入表中，试述这两个转录因子序列异同。下载转录因子SPL2（AT5G43270.1）全长基因和编码区（CDS）序列，分别用基因显示系统GSDS（）和dottup程序分析SPL2基因结构，绘图表示分析结果。 （10分） SPL3/SPL4 Length Score Identity (%) Similarity (%) Gap (%) Needle Water 4. 斑头雁血红蛋白序列、结构、功能、进化分析 （30分） 以“bar-headed goose hemoglobin”检索SwissProt序列数据库，可找到斑头雁血红蛋白序列___条，其中斑头雁血红蛋白A链（HBA_ANSIN）序列登录号（Accession）为_________，登录日期为_________，序列最近更新日期为_________，注释信息最近更新日期为_________；相关文献____篇，其中关于X-射线晶体结构研究____篇；该蛋白质功能为__________________________，属_______________家族； UniRef数据库中和HBA_ANSIN序列相似性高于90％的序列共_______条。选取斑头雁（HBA_ANSIN）、灰雁（HBA_ANSAN）、野鸭（Mallard，HBA_ANAPP）、家鸭（Domestic duck，HBA_ANAPL）、水凫（Widgeon，HBA_ANAPE）和疣鼻天鹅（Mute swan，HBA_CYGOL）6个物种序列，画出用MEGA软件包中最大简约法（Maximum Parsimony）构建的种系发生树；该系统树表明，与斑头雁亲缘关系最近的物种为_______________。 用蛋白质结构图形显示软件Swiss-PdbViewer比较斑头雁氧合血红蛋白（1A4F 斑头雁氧合血红蛋白?亚基有___个组氨酸残基，其中______与血色素环中央鉄原子共价结合，键长_____埃，_____与血色素环中央氧原子（OXY150）以氢键结合，键长为____埃； 用结构叠合（Fit）方法将斑头雁氧合血红蛋白?????二聚体和灰雁氧合血红蛋白?????二聚体按??碳（C?）叠合，叠合后均方根误差（Root Mean Square Deviation, RMSD）为____埃； 找出斑头雁和灰雁血红蛋白第119位差异残基；斑头雁血红蛋白中该残基侧链??碳原子（C?）周围4埃内?亚基残基共___个，分别为___________________________________________________________，灰雁氧合血红蛋白中该残基侧链?、?、??碳