《分子动力学》课件.ppt

计算机分子模拟方法;本章的具体内容 （1）分子动力学方法基础 周期边界 最小影像 差分格式 位势截断 （2）L-J流体体系 （3）微正则系综分子动力学 （4）正则系综分子动力学 （5）等温等压系综分子动力学;一、分子动力学方法基础 原理:计算一组分子的相空间轨道,其中每个分 子各自服从牛顿运动定律 ;计算元胞:立方体元胞;边界条件:周期性边界条件;最小影象: 基本元胞中的一个粒子只与基本元胞中的其它N-1个粒子,或它们的最近邻影象发生作用。 条件：位势的截断距离必须小于元胞线度L的一半。;差分格式（采用有限差分法将微分方程变成有限差分方程以便数值求解 ） 哈密顿表述： 牛顿表述： (1)Verlet算法; (2)预测-校正格式.;Verlet算法:;算法启动 （1）扰动初始位置； （2）利用初始位置和速度： 原始???式的算法表述： （1）规定初始位置r0,r1 （2）计算第n步的力Fn （3）计算第n+1步的位置： （4）计算第n步的速度： （5）重复(2)到(4);计算机分子模拟方法;计算机分子模拟方法;预测校正格式 预测: 利用预测计算得: 修正a:;校正:;;二、L-J流体体系;;（二）无量纲化:;（三）热力学性质: （1）温度 （2）内能 （3）压力：根据哈密顿动力学：;（四）位势截断与长程修正: （1）对分布函数：;(2)根据分布函数理论 内能 压力 ;;（五） F3(N,E,V)程序详解 （1）初始化 （2）量纲转换 （3）算法 （4）输入输出 练习：计算文献 COMPUTER “EXPERIMENTS”OF CLASSICALFLUIDS(I)： THERMODYNAMICAL PROERTIES OF LENNEARD-JONES MOLECULES,Verlet L.,Phys.Rev,v.159,1967,P.98-103. 中的任一状态的对比内能、压力，并画出初始和结束位型。 程序F3(N,E,V);INDEX OF CODES （CCP5） F01 PERIODIC BOUNDERY CONDITIONS IN VARIOUS GEOMENTRIES F02 5-VALUE GEAR PERDICTOR-CORRECTOR ALGORITHM F03 LOW-STORAGE PROGRAM USING LEAPFROG VERLET ALGORITHM F04 VELOCITY VERSION OF THE VERLET ALGORITHM F05 QUATERNION PARAMETER PERDICTOR-CORRECTOR ALGORITHM F06 LEAPFROG ALGORITHMS FOR ROTATIONAL MOTION F07 CONGSTRAINT DYNAMICS A CHAIN MOLECULE F08 SHAKE ALGORITHM FOR CONGSTRAINT DYNAMICS A CHAIN MOLECULE F09 RATTLE ALGORITHM FOR CONGSTRAINT DYNAMICS A CHAIN MOLECULE F10 HARD SPHERE MOLECULAR DYNAMICS PROGRAM F11 CONSTANT-NVT MONTE CARLO FOR LENNARD JONES ATOMS F12 CONSTANT-NVT MONTE CARLO ALGORITHM F13 THE HEART OF A CONSTANT-MUVT MONTE CARLO PROGRAM ;INDEX OF CODES F14 ALGORITHM TO HANDLE INDICES IN CONSTAN-MUVT MONTE CARLO F15 ROUTINE TO RANDOMLY ROTATE MOLECULES F16 HARD DUMB-BELL MONTE CARLO PROGRAM F17 A SIMPLE LENNARD-JONES FORCE ROUTINE F18 ALGORITHM FOR AVOIDING THE SQUARE ROOT OPERATION F19 THE VERLET NEIGHBOUR LIST F20 ROUTINES TO CONSTRUCT AND USE CEL