分子生时物学1.pptVIP

但由于?-碳原子与其他原子之间均形成单键，因此两相邻的平面结构可以作相对旋转。其旋转角分别为φ和ψ，可描述多肽链的所有可能构象。 (1)蛋白质的二级(Secondary structure)结构 指肽链主链的折叠和盘绕方式。它只涉及肽 链主链的构象及链内或链间形成的氢键。 （1）α-helix(螺旋) （2）β-sheet(折迭) （3）β-turn(转角/U形转折/回折) （4）random coil(无规卷曲) （4）β 凸起： 在β 折叠的一条多肽链中插入额外的残基所形成的结构。 （5）无规则卷曲（randon coil) 无规则卷曲或称卷曲(coil)，泛指不能被归入如折叠片或螺旋的明确的二级结构的多肽区段。具有明确而稳定的结构，帮助蛋白质形成三维空间上每维都具周期性结构。 Pr主要二级结构 超二级结构（supersecondary structure） 超二级结构是介于蛋白质二级结构和三级结构之间的空间结构,指相邻的二级结构单元组合在一起，彼此相互作用，排列形成规则的、在空间结构上能够辨认的二级结构组合体，并充当三级结构的构件（block building），其基本形式有αα、βαβ和βββ等。 多数情况下只有非极性残基侧链参与这些相互作用,而亲水侧链多在分子的外表面 结构域 结构域（domain） 结构域是在二级结构或超二级结构的基础上形成三级结构的局部折叠区，相邻的域常被一个或两个多肽片段连结。 其特点是在三维空间上可以明显区分和相对独立，并且具有一定的生物功能如结合小分子。 模体或基序（motif）是结构域的亚单位，通常由2～3二级结构单位组成，一般为α螺旋、β折叠和环（loop）。 Exercises How many physical interactions are there involved in protein folding? Please describe the three-dimensional structures of proteins. 20 different amino acids have been found in proteins. They can be divided into four groups according to the property of their R groups. The first group has 9 amino acids with hydrophobic R groups, the second group has 6 amino acids with hydrophilic R groups, the third group has 2 amino acids with acidic R groups, and the fourth group has 3 amino acids with basic R groups. 在蛋白质中发现有20种不同的氨基酸，根据它们所具有的R基团性质不同可以将其分成四个组。第一组有9种，R基团是疏水的；第二组有6种，R集团是亲水的；第三组有2种，R基团是酸性的；第四组有3种，R基团是碱性的。 非极性氨基酸：共9种，R为疏水性的非极性基团，如脂 肪族和芳香族支链。 极性氨基酸：共11种，R为亲水性的极性基团,如羧基、 羟基、 脂族醇、酰氨基等。 极性不带电荷（6种）（一氨基一羧基） 极性带负电荷(酸性氨基酸）（2种） 极性带正电荷（碱性氨基酸）（3种） 丝氨酸 Ser, S苏氨酸 Thr, T 酪氨酸 含有-OH Here is the structures of the 9 amino acids with hydrophobic R group. 色氨酸 这里是具有疏水性R基团的9种氨基酸的结构。酪氨酸 含S氨基酸 met 和cys 为侧链具有高疏水性的氨基酸之总称。疏水性氨基酸在蛋白质内部，由于其疏水的相互作用，而在保持蛋白质的三级结构上起作用（参见疏水结合）。因为侧链的烃不能溶于水，所以具有疏水性；相反，如果侧链为氨基或羧基时，这些基团能溶于水，那么就具有亲水性。? And here is the structures of the 6 amino acids with hydrophilic R group. 这里是具有亲水性R基团的6种氨基酸的结构。 Here, the left two amino acids have acidic R groups, and the right three have basic R