二维电泳图谱的计算机分析.pptVIP

1、创建蛋白质组图谱 这对于发现全蛋白质组是一个关键的步骤。它是对一个给定样品的二维电泳图上所有的蛋白质斑点进行系统化分析，目的是鉴定对应的蛋白质。这包括注释二维电泳图上的蛋白质斑点的名称和一些其他相关信息，并将电泳图谱加入二维电泳数据库，如SWISS-2DPAGE、HSC-2DPage或者Siena-2DPage数据库。这些数据库大都提供在线服务，允许复杂地查询并以此补充蛋白质的相关信息及它们在二维电泳图上的位置。 2、考察一系列二维电泳胶上的一个或一些基因产物的表达产物 这种方法侧重于化合物对于一个疾病过程在一定时间范围内，或在不同浓度下的药理及毒理作用，同时，更普遍的使人们对一个特定样品一系列二维电泳图片上蛋白质表达变化感兴趣。为了能够达到此目的，需要对一系列二维电泳图片进行分析，并且集中在对感兴趣的蛋白质表达变化进行定量分析。 3、对两个及两个以上的样本的二维电泳图谱上的表达不同蛋白质进行整体研究 一个典型的例子是对疾病阶段性相关多肽的鉴定。在此研究中，将来自疾病组和正常对照组的两组二维电泳图谱进行比较，并鉴定了其中表达量一致有差异的蛋白质。另外，在两个或更多不同疾病阶段，或者不同生物学状态的样品二维电泳图谱中表达不同的蛋白质也是研究的重点。 数据获取 扫描光密度计 二极管阵列 电视摄像机 其他方法 电荷耦合器件，飞点扫描图像分析器等 滤波 得到2 一D PA G E 的数字图象以后, 在进一步分析处理之前, 要进行一次或多次滤波,以降低图象的噪音, 其中还包括减去背景的影响。背景的变化可能是由于染色、照明不均匀或放射自显影胶片的混浊不清引起的。有不同计算法用于抵消局部的背景效应。其中常用的滤波法是“加权平均法” 。 蛋白质象斑的检测 为了分析2 一D 凝胶图谱, 就要检测和分辨其中的各个象斑, 它们是各种蛋白质组成的特征模式。困难在于各个象斑不总是互相分立的, 有连续和互相重叠的情况。为了把它们分开, 有如下几个常用的方法: 阈值法 中心核发 链配接法 卷积法 象斑的标定和定量 用商品光密度标准可对染色的凝胶进行标定。对放射自显影, 用专用的标定板来完成。标定板和试验用的凝胶用相同的照射时间, 前者用聚丙烯酞胺凝胶片做成, 每片含有已知的放射性强度, 一般使标定板连续两片之间强度相差2 倍, 据此绘出标定用灵敏曲线。这样就可以借助电子计算机对待实验凝胶进行各蛋白质斑点的定量研究。 模式匹配 为鉴别2-D PAGE , 要形成各象斑的x 、y 坐标及其定量数值的一览表, 借助于计算机程序, 把一个凝胶中的每个象斑映射到其它凝胶的对应象斑上。如果2 -D 凝胶图象的重复性很好, 在几何上几乎全等, 可用天文学“ 星光闪烁” 法, 对这些凝胶进行分析比较。 数据库结构 一个实验有时需要比较许多2 -D 凝胶, 因此, 要用庞大而灵活的计算机数据库结构, 能够互通信息并进行检索。“ 人类蛋白质索引” 就是这种数据库之一。该数据库中有全部原始的和经过处理的2 -D 凝胶图象。 Melanie软件 Melanie系统由瑞士生物信息学研究所（SIB）开发。 可进行基础的二维电泳图谱分析，包括背景及杂带去除、斑点检测和定量以及对两块或更多二维电泳图谱用一些方法进行自动化比较。 提供许多方法来操作、展示凝胶，例如凝胶层叠、多种放大模式、可定制网格、两块凝胶间的不同切换，或者通过透明模式进行可视化检测比较的结果。 * * 当一个样品中的蛋白质通过二维电泳分离后，接下来的主要任务是对电泳结果的分析，以及提取相关生物学信息。 对于2 一D PA G E 图谱, 如果希望尽可能多地同时检测出一个取样中的蛋白质组成, 则要处理大量的数据和分析它们与蛋白质组成之间的关系; 如果简单地用视觉来检查, 只能得到一些典型的特殊的多肤信息。最初, 有人用电子计算机对图谱中的斑点只作定位分析, 即根据斑点在图谱中的相对位置, 判断所代表的蛋白质, 而不进行模式匹配和斑点的定量化。有人用闪烁计数器对分割出的斑点进行定量测量， 要求准确计数成千上万个斑点, 费时甚多, 且难于给出方法的误差。 一般来说，人们采用三种主要的方法对研究的对象进行整体或特异的蛋白质进行分析 这种方法只有在二维电泳分析软件的协助下才能完成 大肠杆菌1 10 0 种蛋白质2 一D PA G E 图谱 为了获取2-D PAGE或其照相底片的数字图像， 目前采用下述几种装置 激光密度计、CCD照相机或者磷光成像仪 T.伦盖威尔