Autodock分子对接中文版.pdfVIP

分子对接  软件介绍  软件安装与对接  结果分析 考虑到原来的中文版本的指导说明已经有关于autodock软件的 介绍，因此就在此不对软件进行介绍。关于软件的了解，大家可参考 ，这个版本在Bioms论坛有大 家可自己下载(/thread-457-1-3.html)。建议大家 和(Autodock分子对接-中文)这个版本一起看。我自己也是一个初学 者，和前辈的比较着好学点。  软件的下载与安装（win 系统) Autodock软件大家可以直接在其官网下载 （/downloads）直接安装Mgltools即 可。autodock软件的运行环境是英文环境，因此不论安装在哪个盘， 名字都要是英文的，即： 其中C盘必须改名，要是安装在D盘，D盘也要修改名字，还有 就是所有的安装路径文件及将来做对接的文件命名也必须是英文的。  配体与受体的准备 受体（receptor）即酶分子或者其他蛋白分子，可直接从PDB 数据库下载其PDB文件（/pdb/home/home.do） 依南极假丝酵母脂肪酶B （CandidaantarcticaLipaseB）为例 打开后可直接在此处下载 当我们下载完pdb文件后，就要对文件进行处理，包括去除水，加氢， 计算点电荷，最后保存为pdbqt 文件。 运行autodock软件，file-read molecule打开下载的pdb文件，即 1TCA.pdb。其中红点表示水分子。 删除水分子select - select from string 在 residue中输入 HOH*，在ATOM 中输入*并单击Add 如下：其中水分子变为黄色，然 后edit - delete - delete selected atom 点击continue 加氢 edit - hydrogens - add 如下：点击ok就行，有图为加氢后 的结果。 计算点电荷 edit - charges - compute gasteiger 点击确定。 若是做刚性对接，添加原子类型，直接file - save 选择保存为 1TCA.pdbqt文件，备用。 原子类型添加如下： 若是做柔性对接，则要做如下操作： 请参考 即论坛已经上传的。  配体的准备 做不同的对接，配体大都要自己画，因此Chem offier3D来画。 并进行MM能量优化，保存为ASD.pdb文件。 运行autodock软件，ligand- input- open打开配体ASD.pdb 分子,做如下处理：加氢，添加电荷，添加原子类型，保存为pdbqt 文件。 加氢 当打开配体分子后会出现如下对话框：点击确定就行。  ADT检测Ligand分子是否已经加了电荷，如果没有，则自动加上 Gasteiger电荷。需要注意的是：如果要使Gasteiger计算正确， 就必须将Ligand上的所有H加上，包括极性的以及非极性的。如果 电荷全部为0，则ADT会试图加上电荷。同时还将检测每个残基上 的总电荷是否为整数。  ADT检测并合并非极性H。  ADT将Ligand 中每个原子指定为 “AutoDock原子类型”。 表示该分子32个键中有7个可旋转的。其中红色表示root，绿色表 示可扭转，紫色表示不可扭转。如要把C7与C8之间的键设置为不可 扭转，只需要按住shift，用鼠标点击相应的键就行，对于受体和配 体都适应，设置完。然后直接保存就行 ligand- output -save as pdbqt. Grid 打开酶分子（grid - macromolecule - open）弹出对话框询问 是否保留之前已经加上的电荷以代替ADT 自动加上Gasteiger电荷点 击yes和确定就行： 打开配体文件：grid - set map types - open ligand如图： ADT菜单：Grid →Grid Box… 打开Grid Options对话框，将格子 的大小设置为X，Y，Z：40，40，40，格点间隔为默认值0.375 Å， 然后将格子中心设为-7.320，22.766，16.938 （x，y，z）。设置完成 后点击Grid Options菜单中：File →Clo