基于cuda的ab非格点蛋白质结构预测的并行化研究-计算机软件与理论专业论文.docxVIP

b 血L b 血 L ;? · l mu 武汉科技大学 武汉科技大学 研究生学位论文创新性声明 本人郑重声明：所呈交的学位论文是本人在导师指导下，独立进行研 究所取得的成果。除了文中已经注明引用的内容或属合作研究共同完成的 工作外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。 对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。 申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。 论文作者签名： 研究生学位论文版权使用授权声明 本论文的研究成果归武汉科技大学所有，其研究内容不得以其它单位 的名义发表。本人完全了解武汉科技大学有关保留、使用学位论文的规定， 同意学校保留并向有关部门(按照《武汉科技大学关于研究生学位论文收录 工作的规定》执行)送交论文的复印件和电子版本，允许论文被查阅和借阅， 同意学校将本论文的全部或部分内容编入学校认可的国家相关数据库进行 检索和对外服务。 论文作者签名： 指导教师签名： 日 期： ／,ott：兰兰 ， 』 ..，. 武汉科技大学 武汉科技大学 硕士学位论文 第1页 摘要 蛋白质折叠问题又称蛋白质结构预测(PSP)，是生物学和计算机科学相结合的热点。通 过理论计算使用计算机的计算能力来寻找蛋白质的最小能量预测蛋白质结构，对于生物信 息科学有巨大的意义。因为蛋白质的复杂性加上各种用于PSP的寻优算法使得计算量相当 的庞大且运行的时间也越来越长。在不断改进蛋白质折叠算法和在并行平台上，已经陆续 有openMP并行编程，网格计算，集群计算投入研究，然而并行速度的改善从成本和效果 上都还有待进一步的提升。 CUDA通用并行程序平台是基于GPU的全新的通用并行计算平台。它的引入使得在 研究蛋白质折叠结构预测问题的并行化上有了崭新的方向。因为CUDA平台可以借助GPU 的众核的计算能力进行并行计算且其类C的编程方式有助于开发人员迅速掌握。 本文的主要工作在于学习CUDA平台的这个崭新架构，将蛋白质折叠的研究移植到 CUDA平台中。通过将蛋白质免疫克隆选择算法在CUDA平台上实现，对蛋白质折叠在 CUDA上的进一步发展做了探讨和学习。同时，在研究过程中，对CUDA平台做了一个通 用程序上的思考，为之后在CUDA上的研究做参考。 关键字：蛋白质折叠，CUDA，GPU，免疫克隆选择 第1I页 第1I页 武汉科技大学 硕士学位论文 Abstract Protein folding problem which is also called as protein structure problem(PSP)is the hot S— pot of the combination of biology and computer science．It computes the min energy of protein to predict the structure of protein theoretically by using computer,which has stupendous sense to information biology．Because of the complexity of protein and various algorithms used for looking for the min energy on PSP,the calculation tend to be more excessive and the time spend it on tend to be longer．In the improvement of algorithms and parallel platform，OpenMP parallel programming and鲥d computing and cluster computing has been applied On research． However,the improvement ofparallel speed still needs further promotion on cost and results． CUDA platform is a new general-program paralleling computation platform based on GPU． It brings a new direction on the parallel research ofprotein structure predic