绵羊臂二头肌转录组新转录本及新长非编码rna的鉴别与验证-动物遗传育都种与繁殖专业毕业论文.docx

优秀毕业论文 精品参考文献资料 关于学位论文原创性和使用授权的声明本人所呈交的学位论文，是在导师指导下，独立进行科学研究所取得 关于学位论文原创性和使用授权的声明 本人所呈交的学位论文，是在导师指导下，独立进行科学研究所取得 的成果。对在论文研究期间给予指导、帮助和做出重要贡献的个人或集体， 均在文中明确说明。本声明的法律责任由本人承担。 本人完全了解山东农业大学有关保留和使用学位论文的规定，同意学 校保留和按要求向国家有关部门或机构送交论文纸质本和电子版，允许论 文被查阅和借阅。本人授权山东农业大学可以将本学位论文的全部或部分 内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存 论文和汇编本学位论文，同时授权中国科学技术信息研究所将本学位论文 收录到《中国学位论文全文数据库》，并向社会公众提供信息服务。 保密论文在解密后应遵守此规定。 论文作者签名： 导师签名：}更吠／ 日 期： 鲨!三空垒坠、，≥ 万方数据 符号说明缩写词 符号说明 缩写词 英文名称 中文名称 Aa Allimo acid 氨基酸 Amp ampicillin 氨苄青霉素 Bp Basepair 碱基对 eDNA Complementary deoxyribonucleic acid 互补脱氧核糖核酸 CDS Coding sequence 编码区序列 Chr Chromosome 染色体 DP Dorper sheep 杜泊绵羊 E．coli Escherichia coli 大肠杆菌 EST Expressed aequence tags 表达序列标签 GAPDH glyceraldehyde-phosphate dehydrogenase 磷酸甘油醛脱氢酶 GEO Gene Expression Omnibus 基因表达综合数据库 GO Gene Ontology 基因本体论 LneRNA Long noncoding RNA 长非编码RNA miRNA microRNA 微RNA MRE miRNA Regulatory Element 微RNA调控元件 mRNA Messenger RNA 信使RNA NCBI National Center of Biotechnology Information 美国国家生物技术信息中心 NR non-redundant 非冗余 Nt Nucleotide 核苷酸 ORF Open reading frame 开放读码框 Ref-seq RNA high-throughput Sequencing RNA．高通量测序 RTI-PCR Real．time PCR 实时逆转录聚合酶链反应 SH Small-tailed Hart sheep 小尾寒羊 siRNA Small interfering RNA 短干扰I斟A Tm Melting Temperature 解链温度 UTR Untranslated Regions 非翻译区 万方数据 目录中文摘要 目录 中文摘要 ．I l前言 ． 1 1．1绵羊骨骼肌转录组学研究进展 ．1 1．1．1转录组学 ．．． 1 1．1．2家养动物转录组学研究 。2 1．1．3绵羊骨骼肌转录组学研究 ．． 3 1．2转录组学研究技术 ．．4 1．2．1转录组测序技术 4 1．2．2转录组数据比对技术 ．．6 1．2．3转录组数据组装技术 ．．7 1：2．4基于转录组测序的新转录本发掘技术 。8 1．3长非编码鼬叮A研究进展 8 1．3．1长非编码RNA结构与来源 8 1．3．2长非编码RNA功能研究 9 1．3．3长非编码I斟A鉴别研究进展 ．11 1．4本研究的目的意义 1 3 2材料与方法 ．．． ．．． ．．． ．15 2．1试验材料 1 5 2。1．1转录组数据来源 15 2．1．2样品采集及预处理 15 2．1．3试验仪器与设备 1 5 2．1．4试验试剂 1 6 2．2试验方法 l 7 2．2．1数据分析 1 7 02．2获得注释转录本与新长非编码RNA可靠性验证 ．22 2．2．3获得注释转录本与新长非编码RNA组织表达半定量分析 ．． 27 3结果与分析 29 3．1转录组数据比对与新转录本初步识别 29 万方数据 3， 3，1．1转录组数据与基因组的比对 29 3．1．2新转录本的初步识别 30 3．1．3新转录本特征 3 1 3．2新转录本的鉴别与长非编码鼢妊的预测 。 一33 3．2．1新转录本编码潜能预测 ．．： ．33 3．2．2新转录本序列比对分析 ．．： ．34 3．2．3新转录本鉴别 i o．．．．． ．．34 3．2．4长非编码RNA预测 35 3．2．5长非编码RNA互作基因预测 ．36 3．2．6长非编码RNA互作基因注释