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- 约 59页
- 2019-01-11 发布于福建
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全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的dna甲基化遗传标记-法医学专业毕业论点文.pdf
河北医科大学
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研究生签名:杜情情 翩摊和衫
沏心年弓月;o日
万方数据
目
目 录 IIIII I I 11 11 1 lUl II III
Y2785430
中文摘要 1
英文摘要 4
英文缩写 8
研究论文全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记
前言日Ⅱ茜 ... 9
材料与方法 ..10
结果 ..15
附图 ..19
附表 一 27
讨论 ..37
结{念 ..41
参考文献 ..41
综述DNA羟甲基化研究进展 .46
致谢 ..56
个人简历 ..57
万方数据
中文摘要全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记
中文摘要
全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记
摘 要
目的:同卵双生个体(monozygotic twin,MZT)的鉴别在法医DNA 分型领域仍是一个未解难题,当一些案件确定MZT为犯罪嫌疑人或被控 父时,尚无科学可行的DNA检验手段将其有效甄别,不能为案件的侦破 提供有价值的证据线索,是当前法医物证学领域亟待解决的难题。尽管目 前有些研究发现,MZT之间也存在基因序列的差异。比如拷贝数变异 (copy number variation,CNV)的差异、SNP差异或DYZl基因差异,但 是这种差异在表型一致的MZT之间很罕见,在MZT之间寻找这样的基 因序列差异如同大海捞针。而另一种遗传标记DNA甲基化也许能够提供 更多的差异信息用于MZT的区分。目前已有大量研究表明无论表型存在 差异的MZT,如肥胖症、精神疾病或癌症的差异,还是表型一致的MZT, 二者之间都存在基因组范围或基因特异的甲基化差异,为DNA甲基化用 于区分MZT个体提供了有利的理论依据。本研究拟应用甲基化免疫共沉 淀(methylated DNA immunopreci.pitation,MeDIP)测序技术,检测4对
不同年龄的表型一致的MZT个体全基因组甲基化谱,从全基因组水平筛
选出4对MZT共有的甲基化差异区域,作为区分MZT个体的候选序列。 方法:按照知情同意原则,采集了4对同卵双生予外周血样本,每位
受试者均签署知情同意书并填写了相应的调查问卷。应用QIAamp DNA Blood kit(Qiagen)提取血液样本的全基因组DNA。双生子的一致性通过 19个STR位点进行检验。基因组DNA采用MeDIP测序技术分析全基因 组甲基化谱。应用Off-Line Basecaller software(OLB V1.8)进行图像分析和 测序峰图的读取。经过Solexa CHASTITY质量筛选器的筛选后,用 BOWIE软件(V2.1.O)将reads与人类基因组(UCSC HGl9)进行比对, 可唯一比对的序列信息用于后续标准信息分析及个性化分析。MeDIP score用每干碱基含有的reads数作表示,小于8.3 1 reads/kb者定义为未甲
基化,大于374.44 reads/kb者定义为完全甲基化,二者之间为部分甲基化。
结果: l全基因组甲基化状态分布
万方数据
中文摘要1.1
中文摘要
1.1 CpG岛(CGI)区域甲基化状态 在27841个CGI区域,8个样本的部分甲基化、完全甲基化及未甲基化
的区域数分别为1 1324-18050、4189—5474及5164~l 1336,分别占总区域 数的40.67%~64.83%、15.05%~19.66%及18.55%-40.72%。可见CGI区域完 全甲基化状态所占比例最低,大多处于部分甲基化或未甲基化状态。其中 启动子区CGI完全甲基化所占比例最低,仅为1%~2%左右,未甲基化所占 比例最高,达30%,-,60%,反映启动子区CGI甲基化程度较低;而基因内 CGI完全甲基化所占比例达35%-45%左右,甲基化程度较高;基因间区 CGI甲基
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